Monitoring SARS-CoV-2 v odpadnih vodah
Spoštovani!
Po uspešni implementaciji in skoraj treh letih kontinuiranega monitoringa SARS-CoV-2 v odpadnih vodah v Sloveniji na Nacionalnem inštitutu za biologijo (NIB) s koncem februarja 2023 izvajanje monitoringa zaključujemo.
NIB je med prvimi na svetu, na podlagi več desetletnih študij epidemiologije virusov v odpadnih vodah, razvil monitoring SARS-CoV-2 za sledenje količine in različic virusa v odpadnih vodah. Od vsega začetka je sodeloval s Skupnim raziskovalnim središčem Evropske komisije v Ispri (JRC EC Ispra) pri pripravi priporočil za monitoring SARS-CoV-2 v odpadnih vodah za države članice in pri pripravi knjige s smernicami/navodili za laboratorijsko izvajanje monitoringa. Sredstva za razvoj in implementacijo monitoringa v Sloveniji je NIB med drugim pridobil s strani Generalnega direktorata za okolje Evropske komisije. Rezultate mednarodno prepoznane ekspertize NIB uporabljajo različni deležniki družbe (od odločevalcev, Posvetovalne skupine za spremljanje gibanja virusa SARS-CoV-2, zdravnikov do splošne javnosti).
Pri tem pionirskem projektu nismo bili sami. Skupaj z ekipo znanih in novih sodelavcev različnih strok in institucij v Sloveniji in Evropski uniji smo pristop k temu projektu razumeli kot svoj družbeni prispevek k obvladovanju krize ob izbruhu epidemije. Kasneje so naš prispevek prepoznali tudi na Agenciji za raziskovalno dejavnost in Ministrstvu za izobraževanje, znanost in šport z delnim sofinanciranjem raziskave, kakor tudi na Ministrstvu za zdravje s financiranjem monitoringa od januarja 2021 do danes.
Ob izteku monitoringa se najlepše zahvaljujemo vsem najpomembnejšim projektnim partnerjem brez katerih monitoring ne bi bil mogoč: sedmim čistilnim napravam za vzorčenje odpadnih vod, Kliničnemu inštitutu za specialno laboratorijsko diagnostiko Pediatrične klinike UKC Ljubljana za nudenje infrastrukture na področju sekvenciranja in COVID-19 sledilniku za vključevanje naših podatkov v spletno platformo. Zahvala gre tudi Nacionalnemu laboratoriju za zdravje, okolje in hrano za začetno sodelovanje pri sekvenciranju in pomoč pri administrativni pripravi projekta monitoringa za Ministrstvo za zdravje ter Ministrstvu za okolje in prostor, ki nas je imenovalo za nacionalnega koordinatorja monitoringa odpadnih voda za Slovenijo na evropskem nivoju. Gospodarski zbornici Slovenije gre zahvala za pomoč pri informiranju strokovnjakov čistilnih naprav, JRC EC Ispra za izmenjavo mnenj in vključitev v poskuse obstojnosti virusa in primerjalne študije, Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani za sekvenciranje in skupaj z GBD Gesellschaft für Biotechnologische Diagnostik GmbH za pozitivne kontrole virusa, ki so omogočale razvoj metodologije. Zahvala gre tudi sodelavcem evropskega raziskovalnega projekta OBEPINE, s katerimi smo modelirali podatke in ugotovili skladnost izmerjene količine virusa v odpadni vodi s številom okuženih oseb.
Veseli smo, da smo s to zgodbo pokazali, kaj v Sloveniji in širše zmoremo, kako se lahko hitro in učinkovito povežemo, ko nastopi kriza. Vzpostavljen monitoring odpadnih voda je bil po našem mnenju dobra platforma in priložnost za povezovanje strok in kar 26 organizacij v Sloveniji in tujini v dobro javnega zdravja ter za nadgradnjo ekspertize vseh, ki smo bili v ta projekt vključeni.
Lep pozdrav.
Prof. dr. Maja Ravnikar, direktorica NIB
Film o izvajanju monitoringa SARS-CoV-2 v odpadnih vodah na NIB.
Film EU4S o sistemu za spremljanje odpadnih vod za virus SARS-CoV-2.
Na Nacionalnem inštitutu za biologijo v okviru ARRS programa izvajamo monitoring, v okviru katerega spremljamo prisotnost virusa SARS-CoV-2 in mutacij povezanih z njegovimi različicami (od januarja 2021 naprej) v odpadnih vodah slovenskih čistilnih naprav. Na teh spletnih straneh sproti objavljamo rezultate naših meritev, primerjavo s kliničnimi podatki o okuženosti, in njihove krajše interpretacije.
Količina SARS-CoV-2 v odpadnih vodah
(03. 03. 2023)
V primerjavi s prejšnjim tednov se je v odpadnih vodah čistilnih naprav Ljubljana, Domžale in Koper količina virusa zvišala, primerljivo količino virusa kot prejšnji teden pa smo zaznali v odpadni vodi čistilnih naprav Velenje, Kranj in Maribor. V odpadni vodi čistilne naprave Celje smo tokrat zaznali nižjo količino virusa. 
Graf prikazuje prisotnost koronavirusa v odpadnih vodah na posameznih čistilnih napravah. Gre za meritev količine virusne RNA v 24-urnih vzorcih odpadnih voda.
Semafor:
kvalitativno opisuje naše meritve. Rdeče pomeni, da je virusa dovolj za kvantifikacijo, oranžna, da ga ni dovolj, in zelena, da virus nismo zaznali. Graf: S črnimi točkami so na grafu označene posamezne meritve, ki predstavljajo količino virusa SARS-CoV-2 v odvzetem vzorcu, normalizirano na izmerjeno količino virusa PMMoV, ki se uporablja kot fekalni indikator v odpadnih vodah (z normalizacijo je mogoče omiliti okoljske vplive, na primer padavinske, na stanje odpadnih vod, ki lahko vpliva na rezultate meritev).Meritev je predstavljena kot točka zgolj, če je na mejo kvantifikacije (če je na semaforju rdeča). Stolpični graf: predstavlja aktivne primere okužbe s SARS-CoV-2, kot so na voljo na spletni strani Covid19-sledilnik (https://covid-19.sledilnik.org/sl/stats). Ti podatki so zbrani za občine, katerih odpadna voda se prečiščuje v čistilni napravi, iz katere so odvzeti vzorci.
Delež mutacij povezanih z različicami SARS-CoV-2 v odpadnih vodah
(februar 2023)
V tokratno analizo so bili vključeni vzorci odpadne vode iz čistilnih naprav Ljubljana, Koper in Maribor. Z analizo rezultatov sekvenciranja za 7. teden leta 2023 (vzorci odvzeti 14. 02. 2023) smo zaznali prevladujoč delež različice omikron v odpadni vodi iz vseh analiziranih čistilnih naprav (Ljubljana, Koper, Maribor), pri čemer večinski delež predstavlja BQ.1 s podrazličicami. V vzorcih iz vseh čistilnih naprav smo zaznali tudi BA.2.75 in XBB s podrazličicami.
Graf prikazuje prisotnost različic SARS-CoV-2 v odpadnih vodah na posameznih čistilnih napravah. Gre za analize 24-urnih vzorcev odpadnih voda. Za vsako različico SARS-CoV-2 je značilnih več mutacij. Za vsako posamezno mutacijo izmerimo, v kolikšnem deležu vzorca je prisotna. Na grafu označene meritve predstavljajo ocene deležev različic na podlagi frekvence zaznanih mutacij s pomočjo programskega orodja Freyja, ki omogoča oceno deležev različic iz vzorcev z mešanimi populacijami virusa.
Posamezni stolpci predstavljajo ocene deležev različic (Variant Prevalence) v vzorcih odpadne vode iz različnih čistilnih naprav. Različice so označene z barvami, glede na legendo na desni.
Zahvaljujemo se vsem partnerjem, ki omogočajo ali sodelujejo v monitoringu:
Ministrstvo za zdravje Republike Slovenija,
Ministrstvo za okolje in prostor Republike Slovenije,
Centralna čistilna naprava Ljubljana,
Centralna čistilna naprava Domžale-Kamnik,
Centralna čistilna naprava Maribor,
Centralna čistilna naprava Saleške doline,
Centralna čistilna naprava Kranj,
Centralna čistilna naprava Koper,
Centralna čistilna naprava Celje,
Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano,
Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani,
Pediatrična klinika Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana
COVID-19 Sledilnik
Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)