Oddelek za raziskovanje sladkovodnih in kopenskih ekosistemov se ukvarja z raziskavami na treh nivojih, ki vključujejo: ekofiziološke raziskave, raziskave biodiverzitete in raziskave zgradbe in delovanja ekosistemov. Raziskave so osnova za ugotavljanje vpliva človekovih dejavnosti na posamezne vrste ali celotne ekosisteme. Ugotovitve apliciramo v ocene stanja okolja in predloge za bolj učinkovite naravovarstvene ukrepe in bolj trajnostne posege v okolje.

• V okviru ekofiziologije ugotavljamo, s pomočjo merjenja aktivnosti respiratornega sistema in merjenjem dejanskega dihanja odzive vrst na spremembe okoljskih dejavnikov, sposobnost njihove prilagoditve ter pretok snovi v ekosistemih.
• Na področju biodiverzitete raziskujemo razširjenost vrst v Sloveniji. Smo specialisti za nekatere skupine nižjih rakov, višje rake, hrošče in ptice. Podatki o vrstah so podlaga za oceno stanja okolja.
• Na področju ekologije raziskujemo populacijsko dinamiko, medvrstne odnose, vplive okoljskih dejavnikov ter ekologijo invazivnih vrst. Osredotočeni smo na dolgoročne raziskave visokogorskih jezer in vpliva podnebnih sprememb ter raziskave interakcij med združbami in okoljskimi dejavniki v podzemnih vodah. Raziskujemo tudi medvrstne odnose na nivoju plenilcev (sove) ter odnose plen-plenilec v gozdnih ekosistemih, populacijske procese (ptice pevke) v odvisnosti od različnih klimatskih razmer, populacijsko dinamiko hroščev, ter medvrstne interakcije na nivoju odnosa človek – ptice v kulturni krajini.

Raziskovalci
	dr. Irena Bertoncelj	asistentka z doktoratom	05 923 27 34
	Prof. dr. Anton Brancelj	znanstveni svetnik, vodja znanstveno - raziskovalne OE II	05 923 27 31
	dr. Damijan Denac	asistent z doktoratom	05 923 27 36
	dr. Nataša Mori	Znanstvena sodelavka	05 923 27 39
	dr. Tatjana Simčič	višja znanstvena sodelavka	05 923 27 38
	Prof. dr. Davorin Tome	znanstveni svetnik	05 923 27 32
	dr. Al Vrezec	znanstveni sodelavec	05 923 27 35
Mladi raziskovalci
	Dejan Bordjan	mladi raziskovalec	05 923 27 32
	Barbara Debeljak	mlada raziskovalka
	Martina Jaklič	mlada raziskovalka	05 923 27 42
	Allen Wei Liu	Mladi raziskovalec
Strokovni in tehnični sodelavci
	Špela Ambrožič	samostojna strokovna sodelavka	05 923 27 44
	Andreja Jerebic, mag.	koordinatorka področij	05 923 27 30
	Andrej Kapla	projektni sodelavec	05 923 27 43
Nekdanji zaposleni
	dr. Mateja Germ	znanstvena sodelavka
	dr. Urška Koce	Asistentka z doktoratom
	Tina Leskošek	samostojna strokovna sodelavka	05 923 27 33
	dr. Simon Lukančič	asistent
	dr. Tadej Mezek, MBA	asistent z doktoratom
	dr Gregor Muri	znanstveni sodelavec
	Polona Pagon	mlajša razvojnica I
	dr. Franja Pajk
	dr. Olga Urbanc Berčič	višja strokovno - raziskovalna sodelavka
	Uroš Žibrat