Visokogorska jezera so odmaknjeni in neokrnjeni sistemi. Kljub relativno težki dostopnosti, je človek pustil svoj pečat tudi v tem okolju. V sedimentih smo tako zasledili polutante, ki nastajajo pri izgorevanju fosilnih goriv. Tudi kvaliteta vode se je v nekaterih jezerih poslabšala, prav tako pa sta se spreminjali sestava in izvor organske snovi v jezerih.