Delovno mesto raziskovalca (m/ž) s področja bioinformatike, virologije, molekularne biologije ali biotehnologije

Razpisujemo delovno mesto raziskovalca v dinamični in mednarodno vpeti raziskovalni skupini, ki s pomočjo najsodobnejših orodij molekularne biologije deluje na področju zaznavanja, sledenja in raziskav biologije, raznolikosti in evolucije virusov (od rastlinskih do humanih virusov, vključujoč SARS-CoV-2).

O inštitutu
Nacionalni Inštitut za biologijo (NIB) največji neodvisni javni raziskovalni inštitut za naravoslovne vede v Sloveniji. Osnovna dejavnost inštituta so temeljne, razvojne in aplikativne raziskave na področjih naravoslovja in biotehnologije, biomedicine, morske biologije, ekologije in kmetijstva.

O oddelku
Na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo (FITO) ustvarjamo vrhunsko znanje za celostno razumevanje bioloških procesov s poudarkom na interakcijah med patogenimi mikrobi in njihovimi gostitelji. To dosegamo z uporabo najmodernejše opreme, vključenosti v evropske infrastrukturne centre, vzpostavljenim sistemom kakovosti, in vključenostjo v številne evropske in druge mednarodne projekte. Oddelek je prepoznaven po svojem delu na področju sistemske biologije, bioinformatike in statistike, raziskavah virusov in bakterij, metroloških pristopih na področju ved o življenju, ter raziskavah gensko spremenjenih organizmov ter terapevtskih virusov. Rezultat prenosa najmodernejših raziskav v biotehnološke aplikacije je ustanovitev dveh visokotehnoloških odcepljenih podjetij v zadnjih desetih letih.

O skupini
V enoti za mikrobiologijo raziskujemo raznolike teme, ki segajo od biologije, raznolikosti, evolucije, epidemiologije in diagnostike mikrobov, do razvoja in validacije orodij za njihovo zaznavanje. Raziskovalna in diagnostična vprašanja naslavljamo z uporabo najmodernejših metod, kot so kvantitativna in digitalna PCR, LAMP, krioelektronska mikroskopija, visokozmogljivo sekvenciranje in bioinformatika. Naše raziskave so usmerjene v patogene mikrobe na rastlinah pa tudi pri človeku in živalih, okoljsko virologijo in virusno ekologijo (raziskave virusov v okoljskih vzorcih, zlasti v vodah), razvoj nekemičnih načinov odstranjevanja virusov iz vodnih vzorcev in karakterizacijo terapevtskih virusov v sodelovanju z visokotehnološkimi podjetji. Smo del evropskega referenčnega laboratorija za viruse in fitoplazme na rastlinah. Nedavno smo vzpostavili tudi monitoring SARS-CoV-2 in njegovih skrb vzbujajočih različic v vzorcih odpadne vode.

Iščemo:
Iščemo raziskovalca_ko z doktoratom s področja bioinformatike / biostatistike / biotehnologije / mikrobiologije / biologije ali s sorodnih področij.  Zaželene so izkušnje s področij analiz večjih podatkovnih setov, statistike, vizualizacije podatkov, bioinformatike ali virologije.
Raziskovalec_ka bo vključen_a v sodelovalno raziskovalno okolje (skupina trenutno šteje okoli 15 zaposlenih), ki ga sestavljajo starejši raziskovalci_ke, laboratorijski sodelavci_ke, podoktorski raziskovalci_ke, doktorski študenti_ke in drugi. Glede na profil raziskovalca_ke bodo zadolžitve vsebovale upravljanje projektov s področij molekularne biologije / virologije / mikrobiologije, načrtovanje in izvedbo poskusov, analizo podatkovnih setov, vključno s podatki visokozmogljivega sekvenciranja, statistične analize in vizualizacije podatkov. Specifične teme dela bodo vključevale odkrivanje, zaznavanje, študij raznolikosti in rekonstrukcije mikrobnih genomov (za rastlinski viruse ali virome, okoljske vzorce ali genomske podatke SARS-CoV-2), izboljšave laboratorijskih in bioinformatskih delotokov za zaznavanje in študij patogenih mikrobov, inovativne in intuitivne načine prikaza podatkov ter načrtovanje, prijavljanje in izvedbo projektov s področja dela.

Druge zaželene profesionalne in osebnostne lastnosti:
•    Sposobnost za delo v skupini v sodelovalnem okolju.
•    Sposobnost reševanja problemov in kreativno ter proaktivno razmišljanje.
•    Natančnost in čut za zagotavljanje kakovosti dela.
•    Zanimanje in sposobnost za delo na raznolikih raziskovalnih temah s področja temeljne in uporabne znanosti.
•    Dobro znanje angleščine in sposobnost sodelovanja z mednarodnimi partnerji.
•    Izkušnje v pisanju znanstvenih besedil v angleščini.
•    Želja po spoznavanju novih metod in pristopov analize.
•    Pripravljenost za obiske tujih laboratorijev in predstavitev dela na mednarodnih konferencah.

Kaj nudimo?
•    Delo v dinamičnem, mladem in priznanem raziskovalnem kolektivu.
•    Sodelovanje z visoko usposobljenimi strokovnjaki, mednarodna sodelovanja in delo z visokotehnološkimi podjetji.
•    Fleksibilen delovni čas z možnostjo občasnega dela od doma.
•    Učenje specifičnih laboratorijskih ali bioinformatskih tem.
•    Možnosti za znanstveni in karierni razvoj in učenje mehkih veščin (npr. vodenje, skupinsko delo, projektno delo, pogajanja, komunikacijske veščine).

Začetek dela:
Takoj, ko je mogoče, oziroma po dogovoru s kandidatom_ko.

Prijava:
Za dodatne informacije, prosim kontaktirajte dr. Denisa Kutnjaka (denis.kutnjak@nib.si).
Prijave z motivacijskim pismom, življenjepisom ter priporočili pričakujemo do 17.6.2021 na naslov kadrovska.sluzba@nib.si.  

Izbrane zadnje objave članov skupine:
Bačnik, K.; Kutnjak, D.; Pecman, A.; Mehle, N.; Tušek Žnidarič, M.; Gutiérrez Aguirre, I.; Ravnikar, M. Viromics and infectivity analysis reveal the release of infective plant viruses from wastewater into the environment. Water Res. 2020, 177, doi:10.1016/j.watres.2020.115628.
Filipić, A.; Gutierrez-Aguirre, I.; Primc, G.; Mozetič, M.; Dobnik, D. Cold Plasma, a New Hope in the Field of Virus Inactivation. Trends Biotechnol. 2020, 38, 1278–1291, doi:10.1016/j.tibtech.2020.04.003.
Kežar, A.; Kavčič, L.; Polák, M.; Nováček, J.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Žnidarič, M.T.; Coll, A.; Stare, K.; Gruden, K.; Ravnikar, M.; et al. Structural basis for the multitasking nature of the potato virus Y coat protein. Sci. Adv. 2019, 5, eaaw3808, doi:10.1126/sciadv.aaw3808.
da Silva, W.; Kutnjak, D.; Xu, Y.; Xu, Y.; Giovannoni, J.; Elena, S.F.; Gray, S. Transmission modes affect the population structure of potato virus Y in potato. PLoS Pathog. 2020, 16, 1–23, doi:10.1371/journal.ppat.1008608.
Pecman, A.; Kutnjak, D.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Adams, I.; Fox, A.; Boonham, N.; Ravnikar, M. Next generation sequencing for detection and discovery of plant viruses and viroids: Comparison of two approaches. Front. Microbiol. 2017, 8, 1–10, doi:10.3389/fmicb.2017.01998.
Kutnjak, D.; Elena, S.F.; Ravnikar, M. Time-Sampled Population Sequencing Reveals the Interplay of Selection and Genetic Drift in Experimental Evolution of Potato Virus Y. J. Virol. 2017, 91, e00690-17, doi:10.1128/JVI.00690-17.
Kosel, J.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Rački, N.; Dreo, T.; Ravnikar, M.; Dular, M. Efficient inactivation of MS-2 virus in water by hydrodynamic cavitation. Water Res. 2017, 124, 465–471, doi:10.1016/j.watres.2017.07.077.

Izbrani raziskovalni projekti v katerih sodeluje skupina:
EU MSCA ITN INEXTVIR: Innovative Network for Next Generation Training and Sequencing of Virome. Role: Coordinators. 2019-2023. We are coordinating a Marie Skłodowska-Curie innovative training network (ITN) network including 15 PhD students, hosted by 15 partners from 6 EU countries, working on the use of high-throughput sequencing for characterisation of the virome of most important crops in Europe. https://inextvir.eu/
EU H2020 VALITEST: Valitest - Validation of diagnostic tests to support plant health. Role. Partners and WP leaders. 2018-2021. In this project we are focusing on the development of methods for validation of diagnostics tests for plant pathogens, NIB leads the biggest work package and have organized large-scale test performance studies including laboratories from many different countries.  https://www.valitest.eu/
EU EFSA SMART-Surveillance: Smart monitoring of airborne plant pathogens: advances in aerobiology, and molecular diagnostics and remote sensing to support risk based plant health surveillance in the EU. Role: Coordinators. 2018-2022. Research on surveillance of plant pathogenic fungi, in which we are employing and comparing different molecular biology tools, such as qPCR and HTS.
SLO-USA bilateral project BI-US/19-21-016: Development of harmonised high-throughput sequencing approaches for detection of plant pathogens. 2019-2021. Collaboration between NIB and USDA on the topic of high-throughput sequencing for detection of plant viruses.
SLO ARRS L7-2632: Nanopore high-throughput sequencing for resolution of problems in plant pathogen epidemiology and diagnostics (NanoPhyto). Role: Coordinators. 2020-2023. A project funded by national research agency focused on employment of nanopore sequencing for solving different problems connected to plant health: from virus detection and viral strains discrimination in plants and environment, to sequencing of phytoplasmas' genomes.
SLO ARRS L4-9325: Development of new, environment-friendly approaches for plant and human virus inactivation in waters. Role: Coordinators. 2018-2021. A project funded by national research agency in which we develop new methods for non-chemical inactivation of viruses in water, such as hydrodynamic cavitation and cold atmospheric plasma and their combination; an innovative device for water inactivation of viruses in water was developed and patented in the frame of this project.
SLO ARRS P40407: Environmental and applied virology: viruses, friends and foes. Role: Coordinators. 2019-2024. A grant from national research agency dedicated to the research on environmental and applied virology, including, among other, the financing of the research on SARS-CoV-2 in wastewaters, viromes of different water samples and holistic methods for characterisation of therapeutic viruses.