V sodelovanju z Inštitutom za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani, Infekcijsko kliniko ter podjetjem Omega d.o.o. smo z uporabo metode sekvenciranja nove generacije (NGS) z napravo Ion Torrent Personal Genomic Machine, pri otroku s črevesnimi motnjami (akutni gastroenteritis) odkrili okužbo z novim ortoreovirusom*. To je prva opisana okužba s tem ortoreovirusom pri ljudeh in hkrati prva določitev celotnega genoma novega virusa pri ljudeh z metodo NGS v Sloveniji. S primerjalno analizo celotnega genoma virusa smo ugotovili, da je le-ta najbolj soroden ortoreovirusom, ki so jih pred kratkim dokazali pri netopirjih.

Pomemben korak smo naredili tudi pri predpripravi vzorca, kjer smo prvi uporabili konvekcijsko monolitno kromatografijo - CIM® (slovenski visokotehnološki produkt podjetja BIA Separations d.o.o.) in dokazali njene prednosti pri obogatitvi virusnega vzorca v predpripravi na sekvenciranje.

Članek z opisom raziskave je sprejet za objavo v reviji Journal of Clinical Microbiology.

*Ortoreovirusi, ki jih najdemo pri sesalcih, so v okolju pogosti in lahko okužujejo različne vrste sesalcev. Najdemo jih tudi pri ljudeh, kjer lahko povzročajo okužbe prebavil in dihal.

Povezava do članka