Projekti

Nanopore visokozmogljivo sekvenciranje mikrobnih genomov za razrešitev epidemioloških in diagnostičnih vprašanj v rastlinski patologiji

Holder: prof. dr. Maja Ravnikar

Code: L7-2632

Duration: 1.9.2020 - 31.8.2023

Ker se število prebivalcev na svetu nenehno povečuje in nevarnost podnebnih sprememb narašča, bo naša sposobnost boja proti povzročiteljem bolezni na rastlinah postala pomemben dejavnik v boju za zanesljivo preskrbo s hrano. Pomembno vlogo v boju proti širjenju bolezni, ki jih povzročajo patogeni mikrobi igra razvoj hitrih metod za odkrivanje in natančno zaznavo le-teh. Tehnologija sekvenciranja nanopore se v zadnjih nekaj letih hitro razvija in kaže velik potencial za hitrejšo in cenejšo uporabo visokozmogljivostnega sekvenciranja (HTS) pri iskanju znanih in še neznanih patogenih mikrobov. Glavni cilj tega projekta je razviti delotoke nanopor sekvenciranja, ki bodo zagotovili hiter način za odkrivanje patogenih  virusov in fitoplazem.

Da bi ta cilj dosegli, smo si zastavili naslednje naloge:

-        razviti delotok za nanopor sekvenciranje, namenjen odkrivanju in identifikaciji virusov v ekonomsko pomembnih rastlinah, kot je na primer paradižnik;

-        izkoristiti potencial nanopor sekvenciranja in drugih metod HTS (npr. Illumina) za povečanje količine in ločljivosti trenutno razpoložljivih genomskih podatkov fitoplazem in razviti nove metode za razlikovanje karantenskih in nekarantenskih vrst fitoplazme;

-        uvesti nanopor sekvenciranje in razviti bioinformatske protokole za razreševanje kompleksnih rastlinskih bolezni;

-        preučiti virom epidemiološko pomembnih vzorcev okolja (kot je namakalna voda).

 

Slovensko-hrvaški raziskovalni projekt financirata Javna agencija RS (ARRS) in Hrvaška znanstvena fundacija (HRZZ). Slovenski del projekta poleg ARRS financirata tudi Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano (MKGP) in BIA d.o.o.


Partnerji v projektu so Nacionalni inštitut za biologijo (Slovenija), Univerza v Ljubljani - Fakulteta za računalništvo in informatiko (Slovenija), Univerza v Zagrebu - Fakulteta za naravoslovje (Hrvaška) in BIA d.o.o (Slovenija). Sodelovali bomo tudi z Univerzo v Beogradu (Srbija) in Fera Science Ltd. (Združeno kraljestvo).


Projekt je povezan z mednarodnimi projekti, kot so »Innovative Network for Next Generation Training and Sequencing of Virome« (INEXTVIR) in Euphresco projekti »Faster, cheaper identification of emerging virus problems«  (VIRFAST), »Plant Health Bioinfromatics network« (PHBN) in projekt »Development of efficient methods and identification of barcodes for discriminating Grapevine flavescence dorée sensu-stricto from other related phytoplasmas and investigation of potential correlation between taxonomic identity and grapevine, alders and hazelnut plant hosts«, ki se bo začel leta 2021.

Bibliografski podatki in ostali podatki o projektu - povezava na SICRIS.

Več o projektu na: http://projects.nib.si/nanophyto/