Raziskovalna oprema

Raziskovalna oprema

Submit to FacebookSubmit to Google PlusSubmit to TwitterSubmit to LinkedInShere with friends
NIB se nahaja na dveh lokacijah: sedež inštituta in tri raziskovalne skupine se nahajajo v Ljubljani, Morska biološka postaja Piran pa v Piranu. Visoko usposobljeno znanstveno osebje NIB-a pri svojem raziskovalnem delu razpolaga z najnovejšo tehnologijo in zelo napredno opremljenimi prostori. Laboratoriji delujejo v skladu s sistemom vodenja kakovosti, certificiranim v skladu z ISO 9001, določeni laboratoriji pa so akreditirani v skladu s standardom ISO / IEC 17025. Imamo tudi certifikat »dobra laboratorijska praksa« (Good Laboratory Practice).

Spodaj je seznam najpomembnejše laboratorijske opreme na NIB-u, razvrščene glede na posamezna raziskovalna področja.

Za vsa vprašanja v zvezi z raziskovalno opremo se obrnite na: projectoffice@nib.si


BIOKEMIJSKE ANALIZE
Oprema Uporaba
  • Sistem za 2D gelsko elektroforezo s programsko opremo za analizo slik (Image Master 2D Platinum)
  • Pretočni citometer (Calibur BD)

  • spremljanje celičnih procesov pri izražanju / aktivaciji beljakovin

  • Postavitev za biokemično testiranje (ultrasonični homogenizator Cole&Palmer; centrifuga Sigma 2K15, termostatski inkubator, spektrofotometer Perkin Elmer Lambda 25 UV/VIS)

  • merjenje dihalnega potenciala in stresnega odziva pri vodnih in kopenskih nevretenčarjih in vodnih biofilmih
BIOKULTURE
Oprema Uporaba
ŽUŽELKE:
  • Laboratorij za karantenske žuželke
  • Čebelje družine
  • Naprava za štetje čebel (Bee SCAN Lowland Electronics)
  • Mrežniki za opazovanje vedenja žuželk na prostem (3×7 m, 2x)
    • vzreja karantenskih žuželk
    • preučevanje učinkov pesticidov in bolezni na vedenje in osnovno fiziologijo žuželk
    • preučevanje opraševanja žuželk
    • ocenjevanje vpliva pesticidov na pašno vedenje in učne sposobnosti čebel
    • razvoj tehnik za spremljanje opraševalcev (distribucijska in populacijska dinamika)
    • uporaba čebel kot prenašalcev kontrolnih sredstev
    GOJENJE RASTLIN:
    • vzgoja in razmnoževanje rastlin
    • fiziološke in ekološke študije
    • transformacija rastlin
    • vzdrževanje virusov
    • delo z karantenskimi povzročitelji bolezni rastlin
    GOJENJE VODNIH ORGANIZMOV:
    • Termostatski inkubatorji za postavitve poskusovza vodne nevretenčarje (raki, Daphnia, Niphargus, Gammarus)
    • Vzreja vodnih nevretenčarjev v vodnih bazenih
    • ekofizioloških študije - odzivi vodnih živali na okoljske gradiente in stresorje (temperatura, pH, strupene snovi)
    • Rastne komore in inkubatorji za alge in cianobakterije
    • (eko)toksične študije (OECD TG201)
    • taksonomske študije
    • ekofiziološke študije
    • Živalski modeli - cebrica (Danio rerio): vzdrževanje zalog / vzreja v vodnem bazenu za ribe in vzpostavljenih protokolih za eko-toksikološke študije in (transgenske) študije z vbrizgavanjem človeških celic
    • genetske toksikološke študije zarodkov cebric; (funkcionalne) študije napačnega izražanja beljakovin v zarodkih cebric z vbrizgavanjem transgenih celic (prekomerno izražanje ali siRNA utišanje), itd.
    CELIČNE IN TKIVNE KULTURE
    Oprema Uporaba
    • Laboratoriji za celične in tkivne kulture, opremljeni z laminarnimi varovalnimi pokrovi, komorami za kriogeniko, zamrzovalniki, avtomatskimi parametersko upravljanimi zamrzovalniki, centrifugami in CO2 inkubatorji
    • Komore za tkivne kulture rastlin
    • Laboratoriji za bakterijske kulture, opremljeni z laminarnimi varovalnimi pokrovi in inkubatorji





    • gojenje celičnih linij rakavih (zarodnih) celic, celičnih linij zdravih (zarodnih) celic in rastlinskih kultur (celic, tkiv)
    • izolacija primarnih (sferoidi) kultur rakavih (zarodnih) celic in zdravih(zarodnih) celic iz tumorjev in maščobnega / popkovničnega tkiva
    • študije medcelične navzkrižne detekcije (cross-talk)
    • banka bioloških vzorcev tkiva gliomov
    • študije mutagenosti / genotoksičnosti
    • vzgoja in razmnoževanje rastlin, spreminjanje rastlin, vzdrževanje virusov
    EKOFIZIOLOGIJA ŽIVALI
    Oprema Uporaba
    • Eksperimentalna postavitev s PreSens optičnimi senzorji za kisik in termostatskim inkubatorjem za meritve dihanja biofilmov in vodnih nevretenčarjev v odprtih in zaprtih sistemih

    • ekofizioloških študije: odzivi vodnih živali in biofilma na okoljske gradiente in stresorje (temperatura, pH, strupene snovi)
    KROMATOGRAFIJA, SPEKTROFOTOMETRIJA IN CITOMETRIJA
    Oprema Uporaba
    • Tekočinski scintilacijski števec
    • Perkin Elmer
    • LSC TriCarb 4200
    • meritve primarnega proizvajanja in proizvajanja ogljika pri bakterijah
    • Fluorometer, Turner Designs
    • Trilogy laboratory fluorometer
    • meritve klorofila a v vzorcih vode
    • Tekočinski kromatograf za kromatografijo visoke ločljivosti

    • kvalitativne in kvantitativne meritve pigmentov
    • Spektrometer
    • Perkin Elmer
    • Spectrum one FT-IR
    • strukturna karakterizacija spojin
    • Konstantno pretočni analizatorji (SFA)
    • Seal Analytical (model QuAAttro 39)
    • analize hranil v vodi
    • CHNS elementarni analizator, Elementar, Vario Micro Cube
    • CHNS analiza voda in sedimentov
    • Plinski kromatograf za identifikacijo mikroorganizmov s pomočjo analize metil estrov maščobnih kislin (Sherlock Microbial Identification System)
    • identifikacija mikroorganizmov
    • Tekočinski kromatograf za hitro ločevanje beljakovin AKTA Purifier UPC 100
    • ločevanje beljakovin in drugih majhnih delcev
    • IC kromatograf 761 Compact (Methrom)
    • analiza kationov in anionov v vzorcih vode
    • Masni spektrofotometer / plinski kromatograf (Agilent, 973 MS/6890N GC)
    • za metabolomsko analizo (lipidov in aminokislin) in odkrivanje pesticidov
    • ELISA čitalec Tecan Sunrise
    • Pretočni citometer (Calibur BD)
    • Pretočni citometer FACS Calibur
    • Spektrofluorimeter z luminometrom za mikrotitrske plošče (Tecan Genios)
    • Spektrofluorimeter – multidetekcijski čitalec SynergyMX (BioTech Instruments)
    • spremljanje celičnih procesov pri izražanju / aktivaciji beljakovin
    KVANTITATIVNA ANALIZA NUKLEINSKIH KISLIN
    Oprema Uporaba
    • PCR v realnem času (Applied Biosystems 7900HT, ViiA7, Roche Light Cycler 480, Cephid Smart Cycler)
    • Digitalni PCR (nanofluidni Fluidigm BioMark HD System in kapljični digitalni PCR BioRad QX200)
    • izražanje genov, analiza miRNA, genotipizacija, izražanje beljakovin, analiza različic v številu kopij (CNV), analiza talilne krivulje visoke ločljivosti, priprava vzorcev za sekvenciranje, odkrivanje patogenov


    • Aparatura za izotermično pomnoževanje LAMP (GenieII)
    • odkrivanje patogenov / škodljivcev, uporaba na kraju samem, tipizacija SNP, kvantitativna metoda
    • Sekvenciranje nove generacije (Ion Torrent, Roche GS Junior)
    • ciljno sekvenciranje, zajem sekvenc, sekvenciranje eksomov in transkriptomov, sekvenciranje genomov mikrobov, metagenomika in odkrivanje patogenov
    • Robot za pipetiranje (Perkin Elmer MultiProbe II),
    • homogenizatorji: MP Biomedicals FastPrep-24, Qiagen Tissue Lyzer, Seward Stomacher Stomacher 80 Biomaster),
    • Termo KingFisher mL, KingFisher duo,
    • Agilent 2100 Bioanalyzer
    • avtomatsko ravnanje s tekočinami
    • homogenizacija različnih biološkh snovi
    • avtomatska ekstrakcija nukleinskih kislin na magnetni osnovi
    • analiza nukleinskih kislin, beljakovin in celic (kontrola kvalitete, kvantifikacija)
    NEVROBIOLOŠKA ANALIZA
    Oprema Uporaba
    • Elektrofiziološka postavitev za nevrobiologijo žuželk (2x)
    • raziskovanje nevronske podlage procesiranja vibracijskih signalov, razvoja nevronskih mrež in določenih vedenjskih vzorcev
    • izven-celična in znotraj celična registracija odzivovživčnih celic, tehnike barvanja

    OPREMA ZA ANALIZO SLIK
    Oprema Uporaba
    STEREOMIKROSKOPI:
    • SZX12 z digitalno kamero in programsko opremo cellSens (Olympus)
    • Stereozoom SMZ1500 (Nikon)
    SVETLOBNI MIKROSKOPI:
    • BX50, BX51 z digitalno kamero (Olympus)
    • Aksioskop 2 plus (Zeiss)
    • Eclipse 80i z digitalno kamero in programsko opremo NIS Elements (Nikon)
    • Invertni mikroskop AxioObserver Z1 (Zeiss)
    • Invertni mikroskop Diaphot (Nikon)
    FLUORESCENTNI MIKROSKOPI:
    • DMRB/E z digitalno kamero (Leica)
    • E800 z digitalno kamero (Nikon) in programsko opremo Comet Assay IV (Perceptive Instruments)
    • Invertni mikroskop EclipseTE300 z digitalno kamero in programsko opremo NIS Elements (Nikon)
    • NikonEclipse E600
    ELEKTRONSKA MIKROSKOPIJA:
    SISTEMI ZA POSEBNE APLIKACIJE:
    • taksonomske, biodiverzitetne in biogeografske študije
    • imunska citokemija
    • imunska histokemija
    • spremljanje celičnih procesov z označenimi (fluorescentnimi) substrati v živo
    • test komet določanje mikrojeder
    • morfološka analiza celic
    • kvalitativna in kvantitativna analiza fitoplanktona, fitobentosa in zooplanktona
    • preučevanje medcelične interakcije, delovanja celic in celičnih linij (embrionalni razvoj živčnega in mišičnega sistema)
    • analiza fluorescentnih pripravkov za barvanje, morfološke analize celic in tkiva
    • izolacija posameznih celic v obliki, primerni za nadaljnjo in vitro kulturo in nadaljnjo molekularno analizo mešanic nanolitrskega obsega (avtomatiziran nanos celic na reakcijska mikroskopska stekelca ali neposredno v epruvete za PCR, IBIDI stilne merilne komore (FISH, ICC) ali v mikrofluidne naprave)
    OPREMA ZA ANALIZO ZVOKA IN VIBRACIJ
    Oprema Uporaba
    • Stacionarni laserski vibrometer Polytec OFV 2200-L/OFV-353
    • Stacionarni laserski vibrometer Polytec OFV-5000/OFV-505
    • Prenosni laserski vibrometer Polytec OFV-100 (4x)
    • Miniaturni vzbujevalnik Brüel & Kjær Type 4810 (9x)
    • SINUS Acoustic Real-time Analysis Instrument, Samurai 2.0
    • registracija in analiza komunikacijskih signalov žuželk (zvočnih in vibracijskih)
    • raziskave o adaptivni naravi vibracijske komunikacije žuželk glede na mehanske lastnosti gostiteljskih rastlin
    • karakterizacija mehanskih lastnosti trdnih materialov: določanje resonančnih lastnosti lesa, ipd.
    TERENSKA OPREMA
    Oprema Uporaba
    • Raziskovalno plovilo Sagita, SEA ARK, USA
    • Čoln za vzorčenje, Carolina Skiff DLV – 258
    • Oceanografska boja Vida, prototip, lasten razvoj
    • Čoln za vzorčenje z daljinskim upravljanjem, prototip, Henigman d.o.o.
    • Kvadkopter, Quad H2O vodoodporen RTF
    • Potapljaška baza, specializirana za znanstveno potapljanje,
    • Komplet za podvodno komunikacijo, Aquacom + Posedion diving system STX-101, STX-101M
    • Rosette, CTD SeaBird + Ocean oprema za testiranje (Niskins)
    • WTW Multiset 3430 za meritve pH, kisika in prevodnosti do globine 40 m
    • Laserski analizator velikosti delcev, LISST 100X, Sequoia Scientific
    • Laserski sistem za odkrivanje meduz, prototip, Salvi sp.
    • Akustični velocimeter, Nortek Vector
    • Prosto plavajoča boja (Drifter), prototip, Henigman d.o.o.
    • Mikrostrukturna večparametrična sonda, Sea & Sun Technology GmbH
    • Na plovilo nameščen akustični tokomer Acoustic Doppler Current Profiler, Rdi, Teledyne
    • Na dno nameščen akustični tokomer Acoustic Doppler Current profiler, Nortek Vector
    • Akustični digitalni tokovni meter OTT Acoustic Digital Current meter (ADC)
    • Delta T naprava – meteorološka postaja
    • Prenosni laserski vibrometer Polytec PDV 100 (3x)
    • Različne naprave za vzorčenje sladkovodnih, morskih in kopenskih organizmov
    • Terenska oprema za opazovanje ptic
    • hitre meritve površinske temperature in slanosti
    • pregled morske površine s kamero, vgrajeno na kvadkopter
    • meritve in analiza velikosti delcev
    • odkrivanje in štetje meduz
    • meritve turbulenc
    • sledenje mase površinske vode
    • vzorčenje vode in sedimentov
    • neprekinjene meritve različnih parametrov
    • infrastruktura za znanstveno potapljanje, podpora potapljačem in komunikacija med potapljači ter med potapljači in površjem
    • vertikalno profiliranje (CTD, DO, CHLa, PAR, pH) + profiliranje turbulenc (nihanja, vertikalni strig)
    • vertikalno profiliranje tokov
    • avtomatsko vzorčenje vodnega stolpca
    • on-line dostopnost atmosferskih in morskih podatkov + možnosti za namestitev dodatnih senzorjev na oceanografski boji
    • meritve hitrosti pretoka in izliva v tekočih vodah
    • vzorčenje morskih, sladkovodnih in kopenskih organizmov
    • odkrivanje škodljivih žuželk v bioloških materialih (zgodnje odkrivanje škodljivih in invazivnih vrst hroščev v drevesih, lesu, leseni embalaži; odkrivanje škodljivih žuželk v naravnih predmetih kulturne dediščine)
    • raziskovanje ekologije ptic
    DRUGO
    Oprema Uporaba
    • Denaturacijska gradientna gelska elektroforeza (DGGE), C.B.S. Scientific
    • ločevanje produktov PCR z dvojno vijačnico podobne dolžine, vendar različno sekvenco
    • Citometer, BD Biosciences, BD Accuri C6
    • odkrivanje fluorokromov (FITC, PE, PerCP in APC), štetje celic, testi viabilnosti, odkrivanje cianobakterij
    • Vrtljiva miza, BAMS Podnart
    • geofizični laboratorijski poskusi
    • ArcGIS 9.0 programska oprema za prostorsko analizo
    • okoljska analiza prostorskih podatkov