Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

» Network-Based Discovery: Seeing the Forest for the Trees - Adventures with 82,000 Phenotypes «,

ki ga bo predstavil

Dr. DAN JACOBSON 

Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, ZDA

Predavanje bo potekalo v četrtek, 8. septembra 2016, ob 15. uri,

v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B3.

Povzetek predavanja: 

Biološki organizmi so kompleksni sistemi sestavljeni iz omrežij pleiotropnih funkcijskih interakcij med molekulami in makromolekulami. Kompleksni fenotipi so posledica orkestriranih, hierarhičnih in heterogenih zbirk izraženih genskih različic. Učinki teh različic so posledica zgodovinskega selektivnega pritiska in aktualnih okoljskih in epigenetskih signalov, zato lahko njihovo sopojavnost predstavimo z genomskimi korelacijami, in sicer na več različnih načinov. Številne pleitropične interakcije v celicah lahko povzročijo perturbacijo fenotipov, npr. interakcije v celični steni lahko vplivajo na druge ključne funkcije, tudi interakcijo rastline z mikrobi. V naših raziskavah uporabljamo podatke resekvenciranja več kot 1000 genotipov ameriškega črnega topola (Populus trichocarpa) v kombinaciji s transkriptomiko, metabolomiko in fenomiko iste populacije dreves, da bi bolje razumeli molekularne interakcije, ki sodelujejo pri odpornosti biomase na razgradnjo z mikrobi (rekalcirtanco). Pridobljena omrežja asociacijskih študij na celotnem genomu (GWAS), integrirana s korelacijami polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP-ov) in koekspresijskimi omrežji, predstavljajo močno orodje za preučevanje pleiotropičnih in epistatskih odnosov osnovnih celičnih funkcij, ki predstavljano molekularno osnovo kompleksnih fenotipov kot je rekalcitranca, in omogočajo postavljanje hipotez tudi o drugih fenotipih, ki bi lahko bili povezani s tem procesom.

 

 Vljudno vabljeni!

 

Lecture abstract: 

Biological organisms are complex systems that are composed of pleiotropic functional networks of interacting molecules and macro-molecules. Complex phenotypes are the result of orchestrated, hierarchical, heterogeneous collections of expressed genomic variants. However, the effects of these variants are the result of historic selective pressure and current environmental and epigenetic signals, and, as such, their co-occurrence can be seen as genome-wide correlations in a number of different manners. However, due to the many pleiotropic interactions present in cells, perturbing one set of phenotypes, such as cell walls may well affect other core functions, including plant-microbe interactions. We are using data derived from the re-sequenced genomes from over 1000 different Populus trichocarpa genotypes in combination with transcriptomics, metabolomics and phenomics data across this population in order to better understand the molecular interactions involved in recalcitrance. The resulting Genome Wide Association Study networks, integrated with SNP correlation and co-expression networks, are proving to be a powerful approach to determine the pleiotropic and epistatic relationships underlying cellular functions and, as such, the molecular basis for complex phenotypes, such as recalcitrance and to make hypotheses about the other phenotypes that may be affected.

You are kindly invited!

Predavanje bo v angleškem jeziku.