Monitoring SARS-CoV-2 v odpadnih vodah

Submit to FacebookSubmit to Google PlusSubmit to TwitterSubmit to LinkedInNatisni

Na Nacionalnem inštitutu za biologijo v okviru ARRS programa izvajamo monitoring, v okviru katerega spremljamo prisotnost virusa SARS-CoV-2 in mutacij povezanih z njegovimi različicami (od januarja 2021 naprej) v odpadnih vodah slovenskih čistilnih naprav. Na teh spletnih straneh sproti objavljamo rezultate naših meritev, primerjavo s kliničnimi podatki o okuženosti, in njihove krajše interpretacije.

Količina SARS-CoV-2 v odpadnih vodah

(27. 1. 2023)

V primerjavi s prejšnjim tednov se je v odpadnih vodah čistilnih naprav Domžale, Velenje, Celje, Maribor in Kranj količina virusa znižala, v odpadni vodi čistilnih naprav Ljubljana in Koper pa je količina virusa ostala na podobnem nivoju.




Razlaga grafov:

Graf prikazuje prisotnost koronavirusa v odpadnih vodah na posameznih čistilnih napravah. Gre za meritev količine virusne RNA v 24-urnih vzorcih odpadnih voda.

Semafor:

kvalitativno opisuje naše meritve. Rdeče pomeni, da je virusa dovolj za kvantifikacijo, oranžna, da ga ni dovolj, in zelena, da virus nismo zaznali. Graf: S črnimi točkami so na grafu označene posamezne meritve, ki predstavljajo količino virusa SARS-CoV-2 v odvzetem vzorcu, normalizirano na izmerjeno količino virusa PMMoV, ki se uporablja kot fekalni indikator v odpadnih vodah (z normalizacijo je mogoče omiliti okoljske vplive, na primer padavinske, na stanje odpadnih vod, ki lahko vpliva na rezultate meritev).Meritev je predstavljena kot točka zgolj, če je na mejo kvantifikacije (če je na semaforju rdeča). Stolpični graf: predstavlja aktivne primere okužbe s SARS-CoV-2, kot so na voljo na spletni strani Covid19-sledilnik (https://covid-19.sledilnik.org/sl/stats). Ti podatki so zbrani za občine, katerih odpadna voda se prečiščuje v čistilni napravi, iz katere so odvzeti vzorci.   

         

Delež mutacij povezanih z različicami SARS-CoV-2 v odpadnih vodah

(januar 2023)

V tokratno analizo so bili vključeni vzorci odpadne vode iz čistilnih naprav Ljubljana, Koper in Maribor. Z analizo rezultatov sekvenciranja za 1. teden leta 2023 (vzorci odvzeti 04. 01. 2023) smo zaznali prevladujoč delež različice omikron v odpadni vodi iz vseh analiziranih čistilnih naprav (Ljubljana, Koper, Maribor), pri čemer večinski delež predstavljajo BA.5 s podrazličicami in BQ.1 s podrazličicami. V vseh vzorcih smo zaznali tudi BA.2.75 s podrazličicami, v vzorcu odpadne vode iz čistilne naprave Ljubljana pa smo tokrat v znatnem deležu zaznali tudi XBB.1.5 s podrazličicami (ocenjen delež je okoli 4%).

Graf prikazuje prisotnost različic SARS-CoV-2 v odpadnih vodah na posameznih čistilnih napravah. Gre za analize 24-urnih vzorcev odpadnih voda. Za vsako različico SARS-CoV-2 je značilnih več mutacij. Za vsako posamezno mutacijo izmerimo, v kolikšnem deležu vzorca je prisotna. Na grafu označene meritve predstavljajo ocene deležev različic na podlagi frekvence zaznanih mutacij s pomočjo programskega orodja Freyja, ki omogoča oceno deležev različic iz vzorcev z mešanimi populacijami virusa.

Posamezni stolpci predstavljajo ocene deležev različic (Variant Prevalence) v vzorcih odpadne vode iz različnih čistilnih naprav. Različice so označene z barvami, glede na legendo na desni.

Zahvaljujemo se vsem partnerjem, ki omogočajo ali sodelujejo v monitoringu:


Ministrstvo za zdravje Republike Slovenija,

Ministrstvo za okolje in prostor Republike Slovenije,

Centralna čistilna naprava Ljubljana,

Centralna čistilna naprava Domžale-Kamnik,

Centralna čistilna naprava Maribor,

Centralna čistilna naprava Saleške doline,

Centralna čistilna naprava Kranj,

Centralna čistilna naprava Koper,

Centralna čistilna naprava Celje,

Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano,

Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani,

Pediatrična klinika Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana

COVID-19 Sledilnik

Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)