23 nov
Bioinformatske metode v transkriptomiki

Submit to FacebookSubmit to Google PlusSubmit to TwitterSubmit to LinkedInNatisni
Mikromreže omogočajo hkratno analizo izražanja celotnega transkriptoma,  t.j. populacije genov celice, organa ali organizma. To omogoča učinkovito vključevanje transkriptomike v sistemsko biologijo, ki biološke probleme obravnava celostno. Vendar pa je transkriptomika, kot tudi druga področja kvantitativne sistemske biologije, tesno povezana s pridobivanjem velike količine podatkov, kar predstavlja izziv ne samo za biologe ampak tudi za statistike. Kompleksna analiza podatkov je tako lahko povezana s številnimi napačnimi zaključki in posledično z nezaupanjem v uporabljene metode.

Čeprav so bili v zadnjem času objavljeni številni algoritmi in postopki za analizo podatkov mikromrež in je jasno, da lahko izbira analize znatno vpliva na rezultat, trenutno ni konsenza, katera metoda bi bila najboljša. Uporabljene metode je zato potrebno prilagoditi tako zasnovi poskusa kot tudi eksperimentalnemu sistemu. Prav tako je zaradi velike količine podatkov, ki jih z metodami mikromrež dobimo, analiza in predvsem biološka interpretacija podatkov težavna. Orodja za vizualizacijo izražanja genov v okviru procesov in metabolnih poti, v katerih ti geni sodelujejo, lahko bistveno pripomorejo k interpretaciji podatkov.

V predavanju bodo predstavljene izbrane metode za obdelavo podatkov mikromrež in vizualizacijo rezultatov. Podani bodo rezultati študije časovnega izražanja genov krompirja po okužbi z virusom.