Nacionalnemu inštitutu za biologijo je Fitosanitarna uprava Republike Slovenije pri Ministrstvu za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano RS, dne 2. 6. 2009 dodelila javno pooblastilo za opravljanje nalog zdravstvenega varstva rastlin. V okviru pooblastila bo NIB izvajal razvoj in zahtevne diagnostične preiskave s področja rastlinske virologije, bakteriologije in fitoplazem ter druge strokovne naloge na področju zdravstvenega varstva rastlin. Osnova za podelitev pooblastila je dolgoletno intenzivno sodelovanje Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo NIB s Fitosanitarno upravo RS ter vzpostavljen sistem kakovosti, ki temelji na ISO 9001 in 17025. Sodelovanje vključuje diagnostiko rastlinskih patogenov, svetovanje in opravljanje ekspertiz s področja rastlinske patologije, zastopanja države RS v mednarodnih organizacijah in pobudah, kot so delovna telesa Evropske organizacije za varstvo rastlin (EPPO), Evropska agencija za varno hrano (EFSA), evropske tehnološke mreže EUPHRESCO in podobno.

Zdravstveno varstvo rastlin je eno od področij delovanja Fitosanitarne uprave RS, ki pokriva tudi področje kakovosti semenskega in sadilnega materiala rastlin, področje varstva in registracije sort rastlin, področje fitofarmacevtskih sredstev in področje reziduov (ostankov) pesticidov. V širšem smislu fitosanitarno področje ureja zadeve v zvezi s pridelavo, predelavo in prometom rastlin in rastlinskih proizvodov, na način, ki na eni strani zagotavlja zdravje rastlin, živali, ljudi in okolja ter na drugi strani postavlja enake pogoje v mednarodni trgovinski izmenjavi tovrstnega blaga. Pri navedenih dejavnostih Fitosanitarne uprave ima kot dolgoletni partner pomembno vlogo tudi Nacionalni inštitut za biologijo.