Odkrivanje patogenih mikroorganizmov, prisotnih v hrani, krmi, rastlinah in drugih vzorcih je pomembno za zagotavljanje varne hrane, kot tudi za preprečevanje širjenja mikrobov.

S ciljem hkratnega določanja patogenov z genomom v obliki RNA ali DNA, smo raziskovalci Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo razvili nov postopek NAIMA, ki je primeren za istočasno večtarčnopomnoževanje RNA in DNA tarč, skupaj z zaznavanjem na mikromrežahv obliki ArrayTubes. Pokazali smo, da je metoda zelo občutljiva in specifična za odkrivanje dveh gospodarsko pomembnih karanteni rastlinskih patogenov krompirja , viroida vretenatosti krompirjevih gomoljev (RNA  tarča) in bakterije Ralstonia solanacearum (DNA tarča). Zaradi izotermnega pomnoževanja in enostavne opreme, ki je potrebna, je metoda uporabna tudi na terenu. NAIMA se lahko uporablja na vseh področjih, kjer je potrebno določanje DNA in RNA tarč hkrati.

Za določanje omenjenih patogenov smo razvili tudi metodi z zanko posredovanega izotermnega pomnoževanja (LAMP), ki čas analiz skrajšata praktično na minimum, saj izolacija nukleinskih kislin ni potrebna, pomnoževanje pa traja povprečno le 20 minut.

Omenjene metode so bile objavljene v znanstvenih revijah:

• D. Dobnik, D. Morisset, R. Lenarčič, M. Ravnikar. Simultaneous Detection of RNA and DNA Targets Based on Multiplex Isothermal Amplification. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2014, 62 (13), 2989-2996
• R. Lenarčič, D. Morisset, N. Mehle, R. Ravnikar. Fast real-time detection of Potato spindle tuber viroid by RT-LAMP. Plant Pathology, 2012, 62 (5), 1365-3059
• R. Lenarčič, D. Morisset, M Pirc, P. Llop, M. Ravnikar, T. Dreo. Loop-mediated isothermal amplification of specific endoglucanase gene sequence for detection of the bacterial wilt pathogen Ralstonia solanacearum. PLoS ONE 9(4): e96027