NIB

dr. Ana Rotter

Working place: znanstvena sodelavka

Telephone number: 059 23 29 40
Email: Ana.Rotter@nib.si
Department: Morska biološka postaja Piran

KRATEK ŽIVLJENJEPIS

  • od marca 2014: podoktorska raziskovalka na Morski biološki postaji. Področje raziskav: statistika – časovne vrste, analiza omrežij
  • od junij 2011: postdoktorska raziskovalka na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo. Področje raziskav: sistemska biologija, statistika, analiza omrežij, bioinformatika.
  • od 2005 – maj 2011: mladi raziskovalec na področju statistike na Nacionalnem inštitutu za biologijo, oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo. Doktorska disertacija: „Razvoj in implementacija orodij sistemske biologije: primer analize podatkov v rastlinski fiziologiji”. Mentorica prof. dr. Kristina Gruden, somentor prof. dr. Andrej Blejec.
  • od 2004 - Univerza v Ljubljani, Univerzitetni podiplomski študij statistike
  • 2004-2005 – zaposlena v podjetju Delamaris d.d., kjer sem delala v skupini za kontrolo kakovosti izdelkov, kasneje pa tudi v službi za okolje in higieno. V sklopu tega sem izvajala in uvajala okoljska testiranja, spremljala delovanje čistilne naprave ter urejala okoljska poročila in zakonsko zahtevane monitoringe.
  • 1996 - 2002 - Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, interdisciplinarni študij Mikrobiologije . Diplomska naloga: „Toksinotipizacija sevov Clostridium difficile iz različnih držav“. Opazovali smo, ali se v različnih državah pojavljajo različni toksinotipi Clostridium difficile ter kateri toksinotipi prevladujejo v določenih državah. Ugotavljali smo tudi prisotnost binarnega toksina pri različnih vzorcih. Datum zagovora: 10.10.2002, mentorica prof. dr. Maja Rupnik
  • 1992 - 1996 - Gimnazija Koper
  • Rojena 24.4.78

SODELOVANJA

Björn Usadel, Max Planck Golm, Nemčija. Sodelovanje je potekalo leta 2005 na področju uporabe bioinformatike pri genski ontologiji rastlin Cornelis J. (Ron) van Noorden, AMC (Academisch Medisch Centrum) Amsterdan, Nizozemska na področju biološke interpretacije rezultatov statistične obdelave – primer iz onkologije. Sodelovanje poteka od 2011 do danes.

 

Zanimivosti:
Leta 2011 sem dobila nacionalno nagrado L'Oreal »za ženske v znanosti«
Sem sindikalna zaupnica sindikata SVIZ-NIB, v katerega je vključenih približno 40 % zaposlenih na inštitutu.

 

VKLJUČENOST V PROJEKTE
ARRS projekti:
# Šifra Ime projekta Trajanje projekta
1 J2-5478 Razvoj in aplikacije novih metod semantičnega rudarjenja podatkov v znanostih o življenju 1.8.2013―31.7.2016
2 V4―1103 Trsne rumenice: metode zgodnjega odkrivanja in obvladovanja 1.10.2011―30.9.2014
3 J1―4247 Dvojna narava matičnih celic v raku in njihova uporaba v zdravljenju 1.7.2011―30.6.2014
4 J4―4165 Kompromisi obrambe in razvoja v večtrofični interakciji med krompirjem in dvema glavnima škodljivcema 1.7.2011―30.6.2014
5 V4―0523 Karakterizacija novih bakterijskih in fitoplazemskih bolezni, ki ogrožajo sadno drevje; razvoj metod za detekcijo povzročiteljev 1.9.2008―31.8.2010
6 V4―0314 Harmonizacija tehnologij za celovito sledljivost gensko spremenjenih organizmov v produkciji kmetijskih pridelkov in živil ter njihov soobstoj s konvencionalno in ekološko pridelavo 1.10.2006―30.9.2008
7 J4―6459 Proučevanje trsne rumenice in inducirane rezistence na to bolezen z genskimi mikročipi 1.7.2004―30.6.2007

 

EU projekti

Cytothreat: Usoda in učinki ostankov citostatskih zdravil v okolju

januar 2011 – januar 2015

BALMAS: Sistem ravnanja z balastnimi vodami za varstvo Jadranskega morja.

november 2013 – marec 2016

COST mrežne akcije: genderSTE: spol v znanosti, tehnologiji ter okolju (http://www.genderste.eu/)

november 2012 – november 2016

 

PODROČJE RAZISKAV

  • biostatistika: zasnova poskusov, obdelava poskusov, svetovanje, bioinformatika, analiza omrežij, podatkovne baze, transkriptomika, MapMan
  • Želim si spoznati in v praksi uporabiti čimveč klasičnih statističnih metod. Tukaj uporabljam predvsem programsko okolje R, tako zaradi svoje široke uporabnosti na področju statistike kot zaradi privlačnih vizualnih izrisov, ki jih uporabnik lahko naredi. Zanima me sistemska biologija. Moja velika ambicija je izpopolniti se v analizi omrežij za biološke podatke
  • v zadnajem času se spoznavam s stanjem na področju enakopravnosti spolov v znanosti. Pogosto se v praksi izkaže, da za ženske obstajajo t.i. »lepljiva tla« in »stekleni stropi«, ki nam, v primerjavi z moškimi kolegi, onemogočajo enakopravno vzpenjanje po karierni poti. Želim si osveščati sodelavke in sodelavce o nepravičnem stanju.

DRUGE AKTIVNOSTI

  • ocenjevalec za revije Bioinformatics, BMC Bioinformatics, OMICS, Plant Physiology

 

IZBRANE (NOVEJŠE) PUBLIKACIJE

Članki:

1. RAMŠAK, Živa, BAEBLER, Špela, ROTTER, Ana, KORBAR, Matej, MOZETIČ, Igor, USADEL, Björn, GRUDEN, Kristina. GoMapMan : integration, consolidation and visualization of plant gene annotations within the MapMan ontology.Nucleic acids research, ISSN 0305-1048, 2013, 9 str, [in press], doi: 10.1093/nar/gkt1056. [COBISS.SI-ID 2966607]


2. BUH GAŠPARIČ, Meti, LENASSI, Metka, GOSTINČAR, Cene, ROTTER, Ana, PLEMENITAŠ, Ana, GUNDE-CIMERMAN, Nina, GRUDEN, Kristina, ŽEL, Jana, et al. Insertion of a specific fungal 3'-phosphoadenosine-5'-phosphatase motif into a plant homologue improves halotoleranceand drought tolerance of plants. PloS one, ISSN 1932-6203, Dec. 2013, vol. 8, iss. 12. http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0081872, doi:10.1371/journal.pone.0081872. [COBISS.SI-ID 31021785]


3. MOTALN, Helena, GRUDEN, Kristina, HREN, Matjaž, SCHICHOR, Christian, PRIMON, Monika, ROTTER, Ana, LAH TURNŠEK, Tamara. Human mesenchymal stem cells exploit the immune response mediating chemokines to impact the phenotype of glioblastoma. Cell transplantation, ISSN 0963-6897. [Print ed.], 2012, vol. 21, no. 7, str. 1529-1545. http://dx.doi.org/10.3727/096368912X640547, doi: 10.3727/096368912X640547. [COBISS.SI-ID 2432079]


4. PETEK, Marko, BAEBLER, Špela, KUZMAN, Drago, ROTTER, Ana, PODLESEK, Zdravko, GRUDEN, Kristina, RAVNIKAR, Maja, URLEB, Uroš. Revealing fosfomycin primary effect on Staphylococcus aureus transcriptome : modulation of cell envelope biosynthesis and phosphoenolpyruvate induced starvation. BMC microbiology, ISSN 1471-2180, 2010, vol. 10, no. 159, 28, [7] str. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2180-10-159, doi: 10.1186/1471-2180-10-159. [COBISS.SI-ID 2229327]


5. ROTTER, Ana, KRALJ NOVAK, Petra, BAEBLER, Špela, TOPLAK, Nataša, BLEJEC, Andrej, LAVRAČ, Nada, GRUDEN, Kristina. Gene expression data analysis using closed itemset mining for labeled data. Omics. , ISSN 1536-2310, 2010, vol. 14, no. 2, str. 177-186. http://dx.doi.org/10.1089=omi.2009.0126, doi: 10.1089=omi.2009.0126. [COBISS.SI-ID 2210383]


Povezava na COBISS