NIB

dr. Denis Kutnjak

Delovno mesto: asistent z doktoratom

Telefon: 059 23 28 30
E-naslov: denis.kutnjak@nib.si
Oddelek: Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo

Moje pretekle in trenutne raziskovalne aktivnosti so usmerjene na področja rastlinske biologije in virologije, evolucije in filogenetike, visokozmogljivih tehnologij sekvenciranja in bioinformatike. Na začetku raziskovalne kariere (2011-2012) sem sodeloval pri projektu EU SEE-ERA.net Plus BALKANBIODIV (»Vpogled v raznolikost rastlin na Balkanskem polotoku«) na Univerzi v Innsbrucku, Avstrija, na raziskavah na področjih filogenetike, filogeografije in varstvene genetike avtohtonih rastlinskih vrst na Balkanskem polotoku. Kot doktorski študent (2012-2016) sem na NIB raziskoval uporabo tehnologij visokozmogljivega sekvenciraja v rastlinski virologiji in širše. Sodeloval sem pri odkritju novega različka virusa X krompirja, karakterizaciji populacijske strukture virusa Y krompirja znotraj rastlin in končno dinamiki le-te med eksperimentalno evolucijo v različnih gostiteljih. Moje delo je bilo tesno povezano s projektom Agencije Republike Slovenija za raziskovalno dejavnost L4-5525 »Študije epidemiologije in raznolikosti rastlinskih patogenih mikroorganizmov.« Poleg tega sem sodeloval v okviru več drugih projektov, npr., pri karakterizaciji novega ortoreovirusa pri človeku (v sodelovanju z Medicinsko fakulteto Univerze v Ljubljani) in pri forenzičnem metagenomskem projektu (po naročilu Okrožnega sodišča v Ljubljani Republike Slovenije).

 

Eksperimentalna evolucija virusa Y krompirja v različnih genotipih krompirja

 

Trenutno sodelujem pri različnih projektih, ki potekajo na NIB. V podoktorskem projektu, ki ga financira Agencija Republike Slovenije za raziskovalno dejavnost (»Vloga epigenetskega vtisnjenja v časovno ločenih mnogoterih virusnih okužbah v rastlinah«) raziskujem mehanizme spomina rastlin na stresne dejavnike, v sodelovanju z laboratorijem za evolucijsko sistemsko virologijo Inštituta za integrativno sistemsko biologijo v Valencii, Španija. V okviru ARIMNet2 projekta EMERAMB (»Porajajoči se virusi poljščin v mediteranskem zalivu in njihovi prenašalci«) raziskujem vpliv mešanih okužb več rastlinskih virusov hkrati na njihovo evolucijo in razvija orodja za karakterizacijo viroma okoljskih vodnih vzorcev z uporabo visokozmogljivega sekvenciranja. V okviru projekta slovenske pametne specializacije uporabljamo metagenomske pristope za študij metagenoma pomembnih produkcijskih celičnih linij v farmacevtski industriji. Sodelujem tudi pri diagnostičnem delu na oddelku - na tem področju delam na razvoju diagnostičnih metod za rastlinske viruse, ki temeljijo na visokozmogljivem sekvenciranju. Poleg dela na projektih, ki potekajo na oddelku, sem vključen tudi v sodelovanje z drugimi inštitucijami doma in v tujini, npr. z Inštitutom za mikrobiologijo in imunologijo (Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani) na področju sekvenciranja človeških DNA virusov s tehnologijo Oxford Nanopore MinIon in z Biološkim inštiutom Jovana Hadžija (Slovenska akademija znanosti in umetnosti) na področju metabarkodiranja in določanja okoljske DNA iz mrež pajkov.

 

Deljenje rezultatov na konferenci skupaj s študenti in mentorji

 

IZOBRAZBA

2016 Doktorat znanosti (Nanoznanosti and nanotehnologije)

Mednarodna podiplomska šola Jožefa Stefana Ljubljana, Slovenija 

Naslov: Odkrivanje in študij raznolikosti virusov s sekvenciranjem naslednje generacije

2012 Diploma (Biologija)

Biotehniška fakulteta Univerze v Ljubljani, Slovenija
Naslov: Filogeografija in varstvena genetika dinarske smiljke (Cerastium dinaricum)

 

DELO (TRENUTNO DELOVNO MESTO)

2017- Asistent z doktoratom

Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Ljubljana, Slovenija

Poglavitne teme in zadolžitve: 

  • raznolikost populacij rastlinskih virusov
  • molekularna karakterizacija novih virusov in virusnih različkov s sodobnimi pristopi sekvenciranja 
  • karakterizacija virusnih metagenomov okoljskih vzorcev
  • karakterizacija rastlinskih mikrobiomov
  • načrtovanje in izvedba poskusov
  • bioinformatske analize

 

PRETEKLE ZAPOSLITVE

2012-2016 Mladi raziskovalec

Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Ljubljana, Slovenija

2012 Projektni sodelavec

Inštitut za botaniko Univerze v Innsbrucku, Avstrija 

 

ŠTIPENDIJE IN NAGRADE

2017 1. nagrada Slovenskega mikrobiološkega društva na tekmovanju doktorskih dizertacij s področja mikrobiologije v letih 2014 do 2016

2014 nagrada za predstavitev mladega raziskovalca, 6th Monolith Summer School & Symposium 2014, Portorož, Slovenija

2014 nagrada za predstavitev plakata, Delavnica SeqAhead: NGS current challenges and data analysis for plant researchers, The Genome Analysis Centre (TGAC), Norwich, Združeno Kraljestvo

2012 Prešernova nagrada Biotehniške fakultete za diplomsko delo, Ljubljana, Slovenija

 

VODSTEVENE IZKUŠNJE

Somentor dvema magistrskima študentkama (biologija, Biotehniška fakulteta Univerze v Ljubljani, Slovenija) in dvema doktorskima študentkama (Mednarodna podiplomska šola Jožefa Stefana, Ljubljana, Slovenija).

 

STROKOVNE RECENZIJE, ČLANSTVA V ODBORIH

Recenzent znanstvenih člankov za več mednarodnih znanstvenih revij, med njimi: Scentific Reports, Journal of Virology, Annals of Applied Biology,  Journal of Virological Methods in Jorunal of Plant Pathology.

Namestnik člana upravljalnega odbora v evropskem projektu COST FA1407 (Application of next generation sequencing for the study and diagnosis of plant viral diseases in agriculture).

 

ČLANSTVO V MEDNARODNIH ORGANIZACIJAH IN DRUŠTVIH

Slovensko mikrobiološko društvo (SMD), 

Slovensko društvo za biologijo rastlin (SDBR),

American Society for Microbiology (ASM) in 

predstavnik inštiuta v International Alliance for Biological Standardization (IABS). 

 

NAJPOMEMBNEJŠA ZNANSTVENA SODELOVANJA

2016-2017, 2019 Prof. Dr. Santiago Elena, populacijska genetika in eksperimentalna evolucija populacij rastlinskih virusov, Instituto de Biologia Molecular y Celular de Plantas, Universitat Politecnica de Valencia, Španija

2012-2013 Dr. Jan Kreuze, sekvenciranje malih RNA za zaznavanje rastlinskih virusov, International Potato Center (CIP), Lima, Peru 



Povezava na bibliografijo (Google Scholar): https://scholar.google.si/citations?user=hS3qh8AAAAAJ&hl=en