NIB

dr. Špela Baebler

Delovno mesto: znanstvena sodelavka

Telefon: 059 23 28 25
E-naslov: spela.baebler@nib.si
Oddelek: Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo

IZOBRAZBA

1992 -1998 Univerza v Ljubljani, Biotehniška  fakulteta, Oddelek za biologijo

1998-2006 Univerza v Ljubljani, Biotehniška  fakulteta, Interdisciplinarni podiplomski študij biotehnologije 

 

ZAPOSLITVE

1998-2006 Nacionalni inštitut za biologijo, mlada raziskovalka

2006-          Nacionalni inštitut za biologijo, raziskovalka

 

 

PODROČJE RAZISKAV 


1. Interakcija krompir – krompirjev virus Y, sistemsko biološki pristop

Interakcijo krompirja z ekonomsko pomembnim povzročiteljem bolezni PVY spremljamo na različnih nivojih. V zadnjih raziskavah smo potrdili vlogo rastlinskega hormona, salicilne kisline v tej interakciji (Baebler s sod., 2014). Analiza izražanja vseh genov je pokazala, da je odgovor v rastlinah brez salicilne kisline zakasnjen, poleg tega pa smo identificirali nekatere gene, ki bi lahko pripomogli k odpornosti na virus.  

 

 Slika: Bolezenska znamenja in število različno izraženih genov (krepko bolj, navadno manj izraženi) po okužbi s PVY v rastlinah krompirja sorte Rywal (levo) in NahG-Rywal (desno) (Baebler et al., 2014)

 

Izbrane publikacije

Baebler Š, Witek K, Petek M, Stare K, Tušek-Znidaric M, Pompe-Novak M, Renaut J, Szajko K, Strzelczyk-Zyta D, Marczewski W, et al. 2014. Salicylic acid is an indispensable component of the Ny-1 resistance-gene-mediated response against Potato virus Y infection in potato. Journal of experimental botany 65, 1095–1109.

Baebler Š, Stare K, Kovač M, Blejec A, Prezelj N, Stare T, Kogovšek P, Pompe-Novak M, Rosahl S, Ravnikar M, et al. 2011. Dynamics of Responses in Compatible Potato - Potato virus Y Interaction Are Modulated by Salicylic Acid (G Bonaventure, Ed.). PLoS ONE 6, e29009.

Baebler Š, Krečič-Stres H, Rotter A, Kogovsek P, Cankar K, Kok EJ, Gruden K, Kovac M, Žel J, Pompe-Novak M, et al. 2009. PVY(NTN) elicits a diverse gene expression response in different potato genotypes in the first 12 h after inoculation. Molecular Plant Pathology 10, 263–275.

 

2. Razvoj in implementacija novih transkriptomskih in bioinformatskih orodij 

 

Usmerjamo se v različne pristope integracije in vizualizacije podatkov, pridobljenih z različnimi omskimi metodami. Razvili smo spletni aplikaciji GoMapMan (www.gomapman.org) za pregledovanje urejanje in integracijo funkcionalnih anotacij genov modelne in kmetijsko pomembnih rastlinskih vrst in quantGenius (http://quantgenius.nib.si/), ki omogoča enostavno analizo podatkov PCR v realnem času (qPCR). 

Slika: Shemi spletnih aplikacij GoMapMan (levo) and quantGenius (desno)

 

Izbrane publikacije

Ramšak Ž, Baebler Š, Rotter A, Korbar M, Mozetič I, Usadel B, Gruden K. 2014. GoMapMan: integration, consolidation and visualization of plant gene annotations within the MapMan ontology. Nucleic acids research 42, D1167–75.

Rotter A, Hren M, Baebler Š, Blejec A, Gruden K. 2008. Finding differentially expressed genes in two-channel DNA microarray datasets: how to increase reliability of data preprocessing. Omics : a journal of integrative biology 12, 171–82.

Rotter A, Usadel B, Baebler Š, Stitt M, Gruden K. 2007. Adaptation of the MapMan ontology to biotic stress responses: application in solanaceous species. Plant methods 3, 10.

 

 

3. Uporaba metod transkriptomike v farmacevtski industriji in ekotoksikologiji

 

Transkriptomske analizo uporabljamo pri razvoju zdravil (Petek et al., 2010), pri razvoju (Jamnikar et al., 2015) in karakterizaciji farmacevtskih proizvodnih sevov (Kirm et al., 2013) ter pri ugotavljanju učinkov citostatikov v okolju (Kovacs et al., 2015).


Slika: Levo – Primarni odziv S. aureus na fosfomicin na nivoju izražanja genov (Petek at al., 2010). Desno - histologija, poškodbe DNA in izražanje genov pri kroničnem odzivu cebric na nizke doze citostatika 5-FU (Kovacs et al, 2015)

 

Izbrane publikacije

Petek M, Baebler Š, Kuzman D, Rotter A, Podlesek Z, Gruden K, Ravnikar M, Urleb U. 2010. Revealing fosfomycin primary effect on Staphylococcus aureus transcriptome: modulation of cell envelope biosynthesis and phosphoenolpyruvate induced starvation. BMC microbiology 10, 159.

Kirm B, Magdevska V, Tome M, Horvat M, Karničar K, Petek M, Vidmar R, Baebler S, Jamnik P, Fujs S, et al. 2013. SACE_5599, a putative regulatory protein, is involved in morphological differentiation and erythromycin production in Saccharopolyspora erythraea. Microbial cell factories 12, 126.

Jamnikar U, Nikolić P, Belič A, Blas M, Gaser D, Francky A, Laux H, Blejec A, Baebler Š, Gruden K. Transcriptome study and identification of potential marker genes related to the stable expression of recombinant proteins in CHO clones. BMC biotechnology, 15, 98.

Kovács R, Csenki Z, Bakos K, Urbányi B, Horvath A, Garaj-Vrhovac V, Gajski G, Gerić M, Negreira N, Lopez De Alda M, Barceló D, Heath E, Kosjek T, Žegura B, Novak M, Zajc I, Baebler Š, Rotter A, Ramšak Ž, Filipič M. Assessment of toxicity and genotoxicity of low doses of 5-fluorouracil in zebrafish (Danio rerio) two-generation study. Water research, 2015, 77, 201-212. 

 


DRUGE AKTIVOSTI

Nabava večje  raziskovalne opreme

So-ustanoviteljica odcepljenega podjetja NIB BioSistemika in organizator skupnih NIB-BioSistemika delavnic v (www.biosistemika.com/workshops)

Popularizacija znanosti: sodelovanje na dogodkih (Znanost na cesti, Noč raziskovalcev), pri pripravi TV oddaj  (Ugriznimo znanost,  Ljudje in zemlja; 14:30-19:00)

 

RAZISKOVALNI PROJEKTI (ZADNJA TRI LETA)

Biotehnologija in sistemska biologija rastlin (program, 2015-2020)

Prostorsko časovna analiza hipersenzitivnega odziva krompirja na krompirjev virus Y (2016-2019)

Priprava molekularnih postopkov za sistemsko analizo imunskega odgovora krompirja (2014-2017)

Analiza heterogenih informacijskih omrežij za odkrivanje zakonitosti v znanostih o življenju (2016-2019)

ELIXIR-EXCELERATE- Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (EFSRI, 2015-2019)

Učinki citostatikov v okolju in identifikacija biomarkerjev za izboljšanje ocene tveganja v okolju (Cytothreat; FP7 2011-2014; vodja delovnega paketa)

Pogodba s področja  molekularne biologije (Lek, 2003-)

 

UREDNIŠTVA IN ODBORI

COST CA15110, Harmonizacija in standardizacija za povečanje učinkovitosti in konkurenčnosti raziskav na področju ved o življenju v Evropi, članica UO (2016-2019)

Predsednica Slovenskega društva za biologijo rastlin (SDBR)

Članica upravnega odbora centra za funkcionalno genomiko in biočipe

Članica poslovnega odbora NIB

Ocenjevalec za revije Molecular Plant-Microbe Interactions, PlosOne, Plant Physiology in Biochemistry,  Journal of Plant Physiology in Central European Journal of Biology

 

KRATEK ŽIVLJENJEPIS

Rojena 1973 v Ljubljani. Raziskovalno delo za diplomsko nalogo s področja žlahtnjenja perunik je opravila na univerzi v Miyazakiju (Japonska). Po diplomi se je zaposlila kot mlada raziskovalka na Nacionalnem inštitutu za biologijo. Aprila 2001 je zaključila magistrski študij z nalogo s področja produkcije rastlinskih sekundarnih metabolitov, za katero je prejela Krkino nagrado. V okviru doktorskega dela je raziskovala izražanje genov v interakciji krompir – virus, z uporabo analize mikromrež in PCR v realnem času. Po doktoratu nadaljuje delo na raziskavah interakcije rastlina - virus, s poudarkom na razvoju metod, ki omogočajo boljšo vizualizacijo in interpretacijo podatkov visokozmogljivih metod. Vključena je tudi v industrijske projekte, kjer implementira pristope sistemske biologije v industrijsko okolje. Vodila je tudi delovni paket evropskega projekta Cytothreat (http://www.cytothreat.eu/), ki je bil namenjen ugotavljanju učinkov ostankov citostatikov v okolju. 

Udeležila se je številnih znanstvenih srečanj, med drugim več konferenc in tečajev s področja biotehnologije, sistemske biologije in raziskav interakcij rastlina – povzročitelj bolezni. Na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo Nacionalnega inštituta za biologijo je odgovorna za nabave večje opreme za molekularno biologijo in za organizacijo tečajev PCR v realnem času, ki so organizirani v sodelovanju s podjetjem BioSistemika. Veliko časa nameni tudi aktivnostim za popularizacijo znanosti. Tekoče govori angleško (certifikat CAE), sporazumeva pa se tudi v francoščini in japonščini.

 

Celotna bibliografija (COBISS)