NIB

Bakterijski povzročitelji bolezni predstavljajo pomembno grožnjo zdravju ljudi, živali in rastlin, zato so za njihovo učinkovito obvladovanje ključne natančne in pravočasne diagnostične metode. Klasične metode, ki temeljijo na gojenju, sicer veljajo za zlati standard, vendar so časovno zahtevne. Sodobni molekularni pristopi, kot so PCR in sekvenciranje, omogočajo hitrejšo detekcijo, vendar pogosto trpijo zaradi pomanjkanja standardizacije, kar vpliva na primerljivost in zanesljivost rezultatov med laboratoriji.

Projekt MetroBac naslavlja ta izziv z razvojem meroslovnega okvira za standardizirano detekcijo in kvantifikacijo bakterijskih povzročiteljev bolezni pri rastlinah in živalih. Osrednji poudarek projekta je razvoj in vrednotenje referenčnih in kontrolnih materialov (RM), ki so ključni za zagotavljanje sledljivosti, natančnosti in ponovljivosti meritev.

Eden glavnih ciljev projekta je razvoj referenčnih materialov različnih stopenj kompleksnosti, od sintetične DNK in genomske DNK do celih bakterijskih organizmov v realnih bioloških matriksih.

Takšni materiali bodo podpirali različne faze diagnostičnih postopkov, vključno z ekstrakcijo nukleinskih kislin, pomnoževanjem in kvantifikacijo. Poseben poudarek bo namenjen zagotavljanju zamenljivosti, kar pomeni, da bodo razviti materiali čim bolje posnemali dejanske diagnostične vzorce.

Specifični cilji projekta so

• Opredeliti in določiti ključne merilne zahteve za referenčne materiale (RM), da se zagotovi natančnost in ponovljivost meritev pri preučevanju in obvladovanju patogenih bakterij rastlin in živali.
• Razviti RM različnih stopenj kompleksnosti prilagojene za posamezne faze analize.
• Preizkusiti nove RM in potrditi njihovo primernost za uporabo na realnih diagnostičnih vzorcih.
• Obravnavati temeljna meroslovna vprašanja glede primerljivosti različnih pristopov merjenja in njihov vpliv na raziskave ter diagnostiko.
• Razviti okvir za pripravo RM s posebnim poudarkom na zamenljivosti, vključno z visoko natančnimi merilnimi postopki in sledljivostjo do SI.
• Predlagati meroslovno podprt pristop v obliki smernic za razvoj in ocenjevanje referenčnih merilnih sistemov, ki vključujejo RMP in RM za diagnostiko in raziskave patogenov rastlin in živali.

Projekt bo vključeval uporabo naprednih molekularnih metod, predvsem digitalne PCR (dPCR), ki omogoča visoko natančno in na Mednarodni sistem enot (SI) sledljivo kvantifikacijo tarčnih zaporedij. S primerjavo molekularnih in klasičnih mikrobioloških pristopov bo projekt obravnaval tudi temeljna meroslovna vprašanja ter prispeval k boljšemu razumevanju merilnih negotovosti v bioloških sistemih.

Delo v projektu je organizirano v več delovnih sklopov, ki vključujejo izbor modelnih organizmov, razvoj referenčnih materialov za rastlinske in živalske patogene, njihovo karakterizacijo (homogenost, stabilnost, čistost) ter validacijo na realnih diagnostičnih vzorcih. Na podlagi pridobljenih rezultatov bodo pripravljene smernice za razvoj in uporabo referenčnih merilnih sistemov v diagnostiki bakterij.

Z vzpostavitvijo celovitega meroslovnega okvira bo projekt MetroBac pomembno prispeval k izboljšanju natančnosti, primerljivosti in sledljivosti diagnostičnih rezultatov med laboratoriji. Rezultati projekta bodo podprli učinkovitejše spremljanje bolezni, izboljšali upravljanje zdravja rastlin in živali ter prispevali k izpolnjevanju regulativnih in akreditacijskih zahtev na nacionalni in mednarodni ravni.

Slika: Projekt je sestavljen iz sedmih glavnih faz, razdeljenih na pet tehničnih delovnih paketov (DP), ter dveh netehničnih DP, ki se osredotočata na vodenje projekta in širjenje rezultatov. Črte, ki povezujejo posamezne faze, označujejo njihovo povezavo s pripadajočim DP (barva črte ustreza DP).