Projekti
Uporaba RNA interference in pristopov sistemske biologije za validacijo insekticidov tare v prebavilih koloradskega hrošča
Koordinator projekta: dr. Marko Petek
Oznaka: Z4-7068
Trajanje: 1. 1. 2016 - 31. 12. 2017
Podoktorski temeljni raziskovalni projekt Z4-7068 financira Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije iz državnega proračuna.
Povzetek
Koloradski hrošč (KH) je pomemben škodljivec v pridelavi poljščin. Znano je, da je sposoben hitro razviti odpornost na insekticide in predvideva se, da se bo zaradi obetov podnebnih sprememb širil proti severu Evrope. V zadnjem desetletju so dvoverižne RNA (dsRNA) izkazale potencial, da postanejo okoljsko sprejemljiva insekticidna sredstva. Te molekule aktivirajo mehanizem RNA interference (RNAi), ki sproži sekvenčno specifično supresijo izražanja genov, imenovano tudi utišanje genov.
Uspešno utišanje genov in sistemsko širjenje utišanja lahko sprožimo pri KH s hranjenem z dsRNA. Če utišanje gena prekine življenjsko pomemben proces, lahko dsRNA delujejo insekticidno. Prednosti RNAi insekticidov so visoka specifičnost za ciljne vrste, majhna verjetnost razvoja odpornosti in kratko obdobje razgradnje v okolju v netoksične spojine. Ključnega pomena za učinkovitost kot tudi okoljsko varnost dsRNA insekticidov je izbor tarčnih genov.
Glavni cilj tega projekta je identifikacija in validacija tarčnih genov za razvoj RNAi insekticidov s specifičnim delovanjem na KH. Da bi to dosegli, bo potrebno vzpostaviti metodologijo za identifikacijo in potrjevanje učinkovitosti RNAi insekticidov na NIB. To bo vključevalo postopek izbire kandidatnih genov, vzpostavitev metodologije proizvodnje dsRNA in vrednotenja insekticidnega potenciala dsRNA v prehranjevalnih poskusih z žuželkami. Poleg tega bom raziskal vpliv RNAi insekticida na spremembe transkriptoma prebavil KH s pomočjo metode sekvenciranja nove generacije (NGS) imenovane RNA-seq. Da bi raziskal kakšen vpliv ima RNAi insekticid na strukturo bakterijske združbe v prebavilih KH, bom analiziral vsebino prebavil ličink in pridobil metagenomske profile bakterijske združbe z NGS.
Za ovrednotenje učinkovitosti RNAi insekticidov bom uporabil razpoložljiva statistična orodja in že vzpostavljene bioinformatske cevovode za analizo RNA-seq podatkov, medtem ko bom vzpostavil namenski bioinformacijski cevovod za analizo metagenomskih podatkov na NIB.
Projekt bo prispeval k znanosti s:
- preučitvijo potenciala izbranih kandidatnih genov kot novih tarč za RNAi insekticide,
- validacijo računalniško predvidenih genskih funkcij pri škodljivcu,
- sledenjem izražanja izbranih genov v različnih tkivih in razvojnih stopnjah KH,
- preučevanjem globalnih vzorcev izražanja genov z RNA-seq v prebavilih KH po hranjenju z RNAi insekticidom,
- preučevanjem vpliva RNAi insekticida na metagenom prebavil KH.
Hkrati bo podoktorski projekt tudi priložnost za vzpostavitev boljših povezav z drugimi znanstveniki, ki delajo na področju RNAi in možnost pridružitve konzorcijem, ki se prijavljajo na mednarodne razpise za raziskovalne projekte.
Bibliografski podatki in ostali podatki o projektu - povezava na SICRIS.
Povezava na spletno stran projekta - http://projects.nib.si/RNAinVAL.
Povezava na spletno stran projekta - http://projects.nib.si/RNAinVAL.
Hitre povezave
Oddelki in raziskave
Storitve in produkti
Nacionalni inštitut za biologijo
Večna pot 121, 1000 Ljubljana
Tel: +386 (0)59 232 701
Mail: tajnistvo@nib.si
Več o inštitutu >>
Obseg akreditacije Nacionalnega inštituta za biologijo je naveden v Prilogi k akreditacijski listini in Seznamu akreditiranih metod| Nacionalni referenčni laboratorij za določanje GSO v hrani in krmi |
Nacionalni etalon za področje množina snovi/bioanalize nukleinskih kislin, zlasti na področju GSO in mikroorganizmov |
Javno pooblastilo za opravljanje nalog zdravstvenega varsta rastlin |
© 2023 - Nacionalni inštitut za biologijo, vse pravice pridržane Pravno obvestilo Avtorji |