Projekti

ISBE (Infrastructure for Systems Biology Europe) je bila infrastruktura, namenjena integraciji koncepta sistemske biologije v raziskave in aplikacije s področja ved o življenju. Vizija ISBE (http://project.isbe.eu/) je bila ustvariti vseevropsko infrastrukturo za sistemsko biologijo, ki bo znanstvenikom s področja ved o življenju pomagala pri razumevanju živih organizmov na veliko bolj natančen in predvidljiv način. Tako razumevanje bi v nadaljevanju omogočilo poseg v delovanje bioloških sistemov na predvidljiv in racionalen način. Infrastruktura bi znanstvenikom, akademski sferi, zdravstvenemu sektorju in industriji zagotavljala dostop in izkoriščanje polnega potenciala računskih modelov, pripravljenih na osnovi podatkov zapletenih bioloških sistemov, z zahtevano ponovljivostjo in validacijo. Zagotavljala bi znanje, orodja in vire, ki so povezani s sedanjimi in bodočimi velikimi izzivi v zdravstvu, kmetijstvu in industrijski biotehnologiji ter tako prispevala k boljšemu zdravju in blaginji državljanov Evrope.
Ta vizija je, kljub temu, da se bo ISBE v letu 2021 umaknil iz infrastrukturnega »roadmapa« še vedno živa, saj se  infrastruktura premaknila pod okrilje ELIXIR na evropskem nivoju, in Elixir.si na slovenskem nivoju. To bo omogočilo, da se bo delo, ki je do sedaj potekalo pod okriljem ISBE nadaljevalo. Ker sta si infrastrukturi ELIXIR in ISBE v veliki meri sorodni, pri čemer je ELIXIR osredotočena na Podatke za življenje, ISBE pa na Modele za življenje, bo prehod aktivnosti pod novo okrilje lahko potekal brez večjih sprememb. Strateški cilji bodo tako na evropski ravni ostali povezava področij delovanja, orodij in podatkov v petih glavnih tipih koordiniranih dejavnosti:
- modeliranje in integracija podatkov različnih virov in področij
- skrbništvo podatkov in modelov
- razvoj metodologij za pridobivanje kvantitativnih bioloških podatkov
- standardizacija
- izobraževanje  

Nacionalni del projekta, ISBE.si, v katerega so vključeni Nacionalni inštitut za biologijo, Univerza v Ljubljani, Inštitut Jožef Stefan, Univerza v Mariboru, Univerza na Primorskem, je od formacije slovenskega konzorcija sodeloval v večjem številu raziskovalno-razvojnih projektov, od katerih tukaj povzemamo nekatere najpomembnejše dosežke:
-    Konzorcijski partnerji so v tem času razvili ali posodobili več sistemsko-bioloških orodji, ki jih uporablja raziskovalna skupnost: PAJEK, DiNAR, BioMine, Orange, GOMapman, Segmine, pISA-tree
-    ISBE.SI je v letu 2019 sodeloval kot partner v izvajanju projekta prijava evropskega H2020 projekta EOSC-Life, ki je namenjen vzpostavitvi koncepta Odprte znanosti v vedah o življenju
-    konzorcijski partnerji so tekom projekta okrepili svoje sodelovanje na področju sistemske biologije, kar je rezultiralo v skupnih raziskovalnih projektih in znanstvenih publikacijah v vodilnih revijah na področju, na primer: Podpečan V, Ramšak Ž, Gruden K, Toivonen H, Lavrač N. 2019. Interactive exploration of heterogeneous biological networks with Biomine Explorer. Bioinformatics 35 (24), 5385–5388.
-    konzorcijski partnerji so preko delovanja v ISBE.si pridobili na prepoznavnosti na mednarodnem področju, kot rezultat pa bili povabljeni kot sodelujoči partnerji v evropske konzorcije
-    z vzdrževanjem strežnikov, visoko zmogljivih računalnikov in računalniške mreže nudil infrastrukturno podporo številnim raziskovalnim programom in projektom, ki so se izvajali raziskave na področju sistemske biologije
-    izvedel več izobraževanj in delavnic, tako za slovenske kot tuje udeležence
-    člani konzorcija so bili v zadnjih letih ključni, da so se v več univerzitetnih programih začele vključevati vsebine, ki so neposredno vezane na sistemsko biologijo (na primer novi programi na Univerzi v Ljubljani, Univerzi na Primorske in mednarodni podiplomski šoli Jožef Stefan), zaposleni na članicah konzorcija pa na teh programih tudi poučujejo

Spletna stran projekta: ISBE – Slovenian Node of Infrastructure for Systems Biology Europe
Povezane spletne strani: ELIXIR Slovenia – Welcome to ELIXIR Slovenia (elixir-slovenia.org)

ELIXIR-SI delno finančno podpirajo:
• Evropska komisija
  · Evropski strukturni in investicijski skladi
  · Program raziskovalnih infrastruktur, Horizont 2020
• Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport (MIZŠ)
• Javna agencija za raziskovalno dejavnost RS (ARRS)