Projekti

Povečanje uporabnosti orodij za analizo rastlinskih podatkovnih setov

Koordinator projekta: Cyril Pommier

Koordinator za NIB: Kristina Gruden

Oznaka: 1/6/2021-30/5/2023

Projekt je namenjen izvedbi nekaterih ključnih nalog, ki so zapisane v triletnem načrtu Skupnosti za znanosti o rastlinah (Plant Sciences Community | ELIXIR (elixir-europe.org)) evropske infrastrukture ELIXIR (https://f1000research.com/documents/10-145). Cilj Skupnosti je razviti infrastrukturo, ki podpira integracijo in povezovanje fenotipskih, genotipskih, *omičnih (npr. ekspresija, metabolomika, ...) in bibliografskih podatkov. Cilji skupnosti je promocija orodij, baz podatkov, standardov in najboljših praks za raziskave rastlin.
V okviru projekta bomo sestavili set orodij in poskrbeli za razširjanje le-teh preko izobraževalnih in drugih paketov storitev. Ciljna publika so biologi, agronomi in bioinformatiki, ki producirajo in analizirajo podatke.
Drug del aktivnosti se nanaša na izboljšanje možnosti iskanja podatkov. Pripravili bomo izboljšan enotni evropski portal, ki bo omogočal dostop do podatkov in orodij o rastlinah v sodelovanju s podatkovno platformo. Uporabljal bo obstoječe vire ELIXIR: zbirke podatkov, namenjene rastlinam (FAIDARE, Ensembl Plant, InterMine) ter zbirke orodij in standardov (FAIRsharing, bio.tools).
Nazadnje, zbiranje in oblikovanje podatkov in metapodatkov se vse bolj zanaša na orodja, ki jih poganja skupnost, kot so FAIRDOM/Seek, COPO in ISA-Tools. Obstaja priložnost za izboljšanje njihove interoperabilnosti z usklajenimi profili validacije in uporabo API-ja, s čimer se olajša predložitev podatkovnih baz ELIXIR.

NIB v okviru projekta vodi delovni paket 1 - Sestavljanje storitev in orodij prek paketov storitev ELIXIR ter njihov promocija med uporabniki

Delovni paket 1 je namenjen povečanju praktičnosti orodij, namenjenih študijam v rastlinskih znanostih, in spodbuja njihovo diseminacijo. ELIXIR paket storitev (Services | ELIXIR (elixir-europe.org)) združuje nabor orodij in protokolov za izvajanje določenih korakov analize podatkov ali obdelave podatkov in jih dokumentira vključno z usposabljanjem, ki je na voljo v E- modulih za usposabljanje (TeSS - Training eSupport System npr. ChIP-seq workflow) (https://tess.elixir-europe.org/workflows). To je način za promocijo, doseg in širjenje priporočenih dobrih praks naše skupnosti.

Naloga 1.1: Izdelati pakete storitev iz obstoječih orodij
Naloga 1.2: Priprava gradiv za usposabljanje za pakete storitev obrata

Projekt financira ELIXIR in sofinancira MIZŠ