DE Mikroorganizmi in kroženje snovi
DE Mikroorganizmi in kroženje snovi
Raziskujemo strukturo in funkcijo morskih mikroorganizmov pri kroženju snovi in v interakcijah z drugimi organizmi, tako v naravnem okolju kot v kontroliranih pogojih.
Raziskave:
- Raziskave strukture in delovanja mikrobnih združb (fitoplankton, bakterije, arheje, virusi) in njihovih sprememb zaradi klimatskih sprememb in drugih antropogenih pritiskov
- Vloga mikrobnih združb pri kroženju hranil v obalnih morskih ekosistemih
- Ekologija cvetenj škodljiv vrst alg
- Razvoj diverzitetnih indeksov za oceno ekološkega stanja morja
- Razumevanje funkcionalne ekologije fitoplanktonskih vrst na osnovi njihovih lastnosti delovanja
- Vzdrževanje dolgoročne serije bioloških in kemičnih podatkov za preučevanje sprememb in trendov s statistično analizo in modeliranjem
- Raziskave genetskih lastnosti ekološko pomembnih vrst (vključno s HAB) in razvijanje novih metod v okoljskih diagnostikah
- Raziskave interakcij mikrobov z drugimi planktonskimi organizmi s poudarkom na interakcijah mikrob-želatinozni plankton in posledicah
- Porazdelitev in vloga potencialnih patogenov v obalnih morskih okoljih in razvoj novih metod detekcije
- Odziv mikrobov na antropogene vplive in različna organska onesnaževala
- Gokemični in biološki procesi v hipersalinem okolju
Ekspertize:
- Integrativna taksonomija fitoplanktona (svetlobna in elektronska mikroskopija, filogentsko črtno kodiranje posameznih sevov, metabarkodiranje fitoplanktonskih združb)
- Določanje strukture in delovanja mikrobnih združb z uporabo metod naslednje generacije sekvenciranja, gojenja neodvisnih, najsodobnejših orodij bioinfromatike in računalniške biologije
- Gojenje, taksonomska identifikacija in raziskovanje fiziologije in biokemije izbranih sevov bakterij in mikroalg iz zbirke kultur na MBP
- Analize mikrobne aktivnosti na celičnem nivoju, ki temelji na mikroskopiji
- Meritve primarne in bakterijske produkcije z uporabo radioaktivno označenih spojin (14C, 3H)
- Kemotaksonomija (HPLC pigmentne analize)
- Toksičnost fitoplanktona
Izr. prof. dr. Patricija Mozetič, znanstvena svetnica, vodja DE Mikroorganizmi in kroženje snovi
http://www.nib.si/mbp/sl/cv/patricija-mozetic
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Vesna Flander-Putrle, višja strokovno-raziskovalna sodelavka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/vesna-flander-Putrle
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Janja Francé, višja strokovno-raziskovalna sodelavka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/janja-france
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Katja Klun, znanstvena sodelavka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/katja-Klun
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Izr. prof. dr. Nives Kovač, višja znanstvena sodelavka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/nives-kovac
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Neža Orel, mlada raziskovalka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/neza-orel
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Tinkara Tinta, znanstvena sodelavka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/tinkara-tinta
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Timotej Turk Dermastia, asistent z doktoratom
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/timotej-turk-dermastia
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Ivano Vascotto, mladi raziskovalec
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/ivano-Vascotto
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Raziskave obalnega morja - raziskovalni program ARRS P1-0237
1.1.2020-31.12.2025
Vodja: Patricija Mozetič
http://www.nib.si/eng/index.php/projects?view=project&id=166
DE-COMB - Vpliv razpada masovne populacije invazivne rebrače na mikrobno združbo obalnega morja - od molekul do ekosistema - celosten interdisciplinarni pristop - slovensko (ARRS) - avstrijski raziskovalni projekt J7-2599
1.11.2020 - 31.10.2023
Vodja: Tinkara Tinta
http://projects.nib.si/decomb/
Dejavniki, ki strukturirajo mikrobiom obalnega morja s poudarkom na patogenih; celostni pristop - raziskovalni projekt ARRS J1-9157
1.7.2018 - 30.06.2021
Vodja: Valentina Turk
http://www.nib.si/eng/index.php/projects?view=project&id=280
GoJelly - A gelatinous solution to plastic pollution (H2020-BG)
2018 - 2021
SMS - Sensing toxicants in Marine waters makes Sense using biosensors (FP7-OCEAN)
1.8.2013 - 31.8.2017
INTERFACES - Ecohydrological interfaces as critical hotspots for transformations of ecosystem exchange fluxes (FP7-ITN)
2013 - 2017
http://www.birmingham.ac.uk/generic/interfaces/index.aspx
OceanGov - Ocean Governance for Sustainability - challenges, options and the role of science (COST Action CA15217)
28.9.2016 - 31.12.2020
BALMAS - Ballast water management system for Adriatic Sea protection (Adriatic IPA CBC)
2013 - 2016
NC IOC - Nacionalni odbor Medvladne oceanografske komisije (deluje pod okriljem Slovenske nacionalne komisije za UNESCO)
Vsakoletni program od 1994 dalje
https://www.nib.si/mbp/en/ioc-unesco
MEDREGION - Support Mediterranean Member States towards the implementation of the Marine Strategy Framework Directive new GES Decision and programmes of measures and contribute to regional/subregional cooperation
2019-2021
ABIOMMED - Support Coherent and Coordinated Assessment of Biodiversity and Measures Across Mediterranean for the Next 6-year Cycle of MSFD Implementation
2021-2023
Nacionalni monitoring bioloških elementov kakovosti ekološkega stanja morja
Agencija RS za okolje
https://www.arso.gov.si/vode/morje/
Flander-Putrle, V., Francé, J., Mozetič, P. (2022) Phytoplankton Pigments Reveal Size Structure and Interannual Variability of the Coastal Phytoplankton Community (Adriatic Sea). Water. 2022; 14(1):23. https://doi.org/10.3390/w14010023
Tinta T., Klun K., Herndl G.J. The importance of jellyfish-microbe interactions for biogeochemical cycles in the ocean. Limnology and Oceanography 2021. DOI: 10.1002/LNO.11741
Turk, V., Malkin, S., Celussi, M., Tinta, T., Ceam, J., Malfatti, F., Chen, F. Ecological role of microbes : current knowledge and future prospects. Ed.: V: Malone, T. C., Malej, A., Faganeli, J.. Coastal ecosystems in transition : a comparative analysis of the northern Adriatic and Chesapeake Bay, (Geophysical monograph series). 1st ed. Hoboken: American Geophysical Union: Wiley. 2021, str. 129-145. doi: 10.1002/9781119543626.ch7
Brush, M.J., Mozetič, P., Francé, J., Bernardi Aubry, F., Djakovac, T., Faganeli, J., Harris, L.A., Niesen, M. 2021. Phytoplankton dynamics in a changing environment. In: Malone, T.C., Malej, A., Faganeli, J. (eds.). Coastal ecosystems in transition: a comparative analysis of the northern Adriatic and Chesapeake Bay, (Geophysical monograph series). AGU: Wiley. DOI: 10.1002/9781119543626.ch4 .
Francé, J., Varkitzi, I., Stanca, E., Cozzoli, F., Skejić, S., Ungaro, N., Vascotto, I., Mozetič, P., Ninčević Gladan, Ž., Assimakopoulou, G., Pavlidou, A., Zervoudaki, S., Pagou, K., Basset, A., 2021. Large-scale testing of phytoplankton diversity indices for environmental assessment in Mediterranean sub-regions (Adriatic, Ionian and Aegean Seas). Ecological Indicators 126, 107630. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2021.107630 .
Turk Dermastia, T., Cerino, F., Stanković, D., Francé, J., Ramšak, A., Tušek-Žnidarič, M., Beran, A., Natali, V., Cabrini, M., Mozetič, P. 2020. Ecological time series and integrative taxonomy unveil seasonality and diversity of the toxic diatom Pseudo-nitzschia H. Peragallo in the northern Adriatic Sea. Harmful algae. DOI: 10.1016/j.hal.2020.101773.
Tinta, T., Zhao, Z., Escobar, A., Klun, K., Bayer, B., Amano, C., Bamonti, L., Herndl, G.J. Microbial processing of jellyfish detritus in the ocean. Frontiers in microbiology 2020, DOI: 10.3389/fmicb.2020.590995/full.
Mozetič, P., Cangini, M., Francé, J., Bastianini, M., Bernardi Aubry, F., Bužančić, M., Cabrini, M., Cerino, F., Čalić, M., D'Adamo, R., et al. 2019. Phytoplankton diversity in Adriatic ports: Lessons from the port baseline survey for the management of harmful algal species. Marine pollution bulletin. DOI: 10.1016/j.marpolbul.2017.12.029.
Giovanardi, F., Francé, J., Mozetič, P., Precali, R., 2018. Development of ecological classification criteria for the Biological Quality Element phytoplankton for Adriatic and Tyrrhenian coastal waters by means of chlorophyll a (2000/60/EC WFD). Ecol. Indic. 93, 316-332. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.05.015 .
Varkitzi, I., Francé, J., Basset, A., Cozzoli, F., Stanca, E., Zervoudaki, S., Giannakourou, A., Assimakopoulou, G., Venetsanopoulou, A., Mozetič, P., Tinta, T., Skejic, S., Vidjak, O., Cadiou, J.F., Pagou, K., 2018. Pelagic habitats in the Mediterranean Sea: A review of Good Environmental Status (GES) determination for plankton components and identification of gaps and priority needs to improve coherence for the MSFD implementation. Ecol. Indic. 95, 203-218. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.07.036 .
Tinta, T., Vojvoda, J., Mozetič, P., Talaber, I., Vodopivec, M., Malfatti, F., Turk, V. Bacterial community shift is induced by dynamic environmental parameters in a changing coastal ecosystem (northern Adriatic, northeastern Mediterranean Sea) - a 2-year time-series study. Environmental microbiology 2015, DOI: 10.1111/1462-2920.12519.
Mozetič, P., Solidoro, C., Cossarini, G., Socal, G., Precali, R., Francé, J., Bianchi, F., De Vittor, C., Smodlaka, N., Fonda Umani, S. 2010. Recent trends towards oligotrophication of the Northern Adriatic: Evidence from chlorophyll a time series. Estuaries and Coasts, 33, 362-375. https://doi.org/10.1007/s12237-009-9191-7
Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta https://www.uni-lj.si/university/
Institut "Jožef Stefan" https://www.ijs.si/ijsw/JSI
Univerza v Trstu https://www.units.it/
OGS https://www.ogs.trieste.it/
ISMAR http://www.ismar.cnr.it/
CMR Rovinj https://www.irb.hr/eng/Divisions/Center-for-Marine-Research
Univerza v Zagrebu http://www.unizg.hr/homepage/
Univerza na Dunaju https://www.univie.ac.at/en/
IOR Split www.izor.hr
Institute for Marine and Coastal Research, University of Dubrovnik, Croatia
Fondazione Centro Ricerche Marine - Laboratoro Nazionale di riferimento per le Biotossine Marine, Cesanatico
Microbia Environnement https://www.microbia-environnement.com/
HCMR https://www.hcmr.gr/
Univerza v Salentu https://www.unisalento.it/
Nacionalni veterinarski inštitut UL https://www.vf.uni-lj.si/nvi
Soline, Proizvodnja soli d.o.o.
Nacionalni inštitut za kemijo (https://www.ki.si/en/)
UN Environmental Programme, Mediterranean Action Plan Coordinating Unit (UNEP/MAP),Athens, Greece
Christian Albrechts University Kiel (CAU), Germany
The National Research Council (CNR), Italy
University of Southern Denmark (SDU), Denmark
Izobraževanje in ozaveščanje:
Člani skupini predavajo na:
- Univerzi v Ljubljani (Biotehniški fakulteti, Fakulteta za pomorstvo in promet)
- Univerzi na Primorskem (Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije, Pedagoška fakulteta)
- Univerzi v Novi Gorici (Fakulteta za znanosti o okolju, Fakulteta za podiplomski študij)
- Jožef Stefan Mednarodna podiplomska šola
Sodelujemo v programih izobraževanja, ne samo v nacionalnih programih za mlade raziskovalce, temveč tudi kot mentorji domačim in tujim študentom (npr. študentom programa Berufskolleg Hilden School, Nemčija), v programih obveznih praks, ter kot mentorji pri diplomskih, magistrskih in doktorskih nalogah.
Z rednimi dejavnostmi ozaveščanja ( npr. Dan odprtih vrat, Noč raziskovalcev, vodeni ogledi) in drugimi oblikami širjenja znanja prispevamo k oceanski pismenosti družbe.
Nacionalna imenovanja in članstva v strokovnih skupinah:
- Nacionalni predstavnik UNESCO-IOC, Medvladnega sveta za Harmful Algal Blooms (IPHAB) (P. Mozetič)
- Predsednik nacionalnega odbora Medvladne oceanografske komisije (NO IOC) Slovenske nacionalne komisije za UNESCO (P. Mozetič)
- Nacionalni predstavnik za MED POL (Program spremljanja onesnaženja s kopnega Sredozemlja), UNEP Mediterranean Action Plan (V. Turk)
- Člani strokovnih skupin v podporo direktivam EU (MSFD, WFD)
Nagrade in priznanja:
- Slovenska nagrada "Prometej znanosti za odličnost v znanosti in komunikaciji 2019" uredništvo publikacije Pol stoletja dolga pot Morske biološke postaje Piran 1969-2019, Nacionalnega inštituta za biologijo (J. Francé, N. Kovač, P. Mozetič)
- Znanstveni dosežek ARRS "Odlični v znanosti 2018" na področju interdisciplinarnih raziskav preučevanja mikrobne plasti petole blata v Sečoveljskih solinah
- Slovenska nagrada "Prometej znanosti za odličnost v znanosti in komunikaciji 2018" mlademu raziskovalcu (T. Turk Dermastia)
- Znanstveni dosežek ARRS "Odlični v znanosti 2015" na področju naravoslovja za opis vpliva okoljskih dejavnikov na dinamiko mikrobne združbe.
Na slikah (od leve proti desni in od zgoraj navzdol):
1. Vzorčevanje dinoflagelatskih cist (Foto: Tamim Ozod-Seradj)
2. Delo z invertnim svetlobnim mikroskopom ZEISS AxioObserver.Z1 (Foto: arhiv MBP)
3. Sestanek skupine na daljavo (Foto: Neža Orel)
4. Filtriranje vzorcev morske vode za analizo fotosintetskih barvil (Foto: Leon Lojze Zamuda)
5. Tekočinski kromatograf (HPLC – High Performance Liquid Chromatography) (Foto: Vesna Flander Putrle)
6. Jemanje vzorcev iz Niskinovega vzorčevalnika za analizo fotosintetskih barvil (Foto: Vesna Flander Putrle)
7. Jemanje vzorcev iz Niskinovega vzorčevalnika za mikrobiološke analize (Foto: Vesna Flander Putrle)
8. Jemanje vzorca fitoplanktona nabranega s planktonsko mrežo (Foto: Vesna Flander Putrle)
9. Planktonska mreža in rozeta z Niskinovimi vzorčevalniki (Foto: Vesna Flander Putrle)
10. Prikaz koncentracije vzorcev za proteomske analize bakterijske združbe v morju (Foto: arhiv MBP)