DE Mikroorganizmi in kroženje snovi

DE Mikroorganizmi in kroženje snovi

 

Raziskujemo strukturo in funkcijo morskih mikroorganizmov pri kroženju snovi in v interakcijah z drugimi organizmi, tako v naravnem okolju kot v kontroliranih pogojih.

 

Raziskave in ekspertize

 

Raziskave:

Raziskave strukture in delovanja mikrobnih združb (fitoplankton, bakterije, arheje, virusi) in njihovih sprememb zaradi klimatskih sprememb in drugih antropogenih pritiskov

Vloga mikrobnih združb pri kroženju hranil v obalnih morskih ekosistemih

 Ekologija cvetenj škodljiv vrst alg

-  Razvoj diverzitetnih indeksov za oceno ekološkega stanja morja

-  Razumevanje funkcionalne ekologije fitoplanktonskih vrst na osnovi njihovih lastnosti delovanja

Vzdrževanje dolgoročne serije bioloških in kemičnih podatkov za preučevanje sprememb in trendov s statistično analizo in modeliranjem

-  Raziskave genetskih lastnosti ekološko pomembnih vrst (vključno s HAB) in razvijanje novih metod v okoljskih diagnostikah

 Raziskave interakcij mikrobov z drugimi planktonskimi organizmi s poudarkom na interakcijah mikrob-želatinozni plankton in posledicah

-   Porazdelitev in vloga potencialnih patogenov v obalnih morskih okoljih in razvoj novih metod detekcije

-  Odziv mikrobov na antropogene vplive in različna organska onesnaževala

- Gokemični in biološki procesi v hipersalinem okolju

 

Ekspertize:

-  Integrativna taksonomija fitoplanktona (svetlobna in elektronska mikroskopija, filogentsko črtno kodiranje posameznih sevov, metabarkodiranje fitoplanktonskih združb)

-  Določanje strukture in delovanja mikrobnih združb z uporabo metod naslednje generacije sekvenciranja, gojenja neodvisnih , najsodobnejših orodij bioinfromatike in računalniške biologije

-  Gojenje, taksonomska identifikacija in raziskovanje fiziologije in biokemije izbranih sevov bakterij in mikroalg iz zbirke kultur na MBP

-  Analize mikrobne aktivnosti na celičnem nivoju, ki temelji na mikroskopiji

-  Meritve primarne in bakterijske produkcije z uporabo radioaktivno označenih spojin (14C, 3H)

-  Kemotaksonomija (HPLC pigmentne analize)

-  Toksičnost fitoplanktona

 

 

Osebje

 

Izr. prof. dr. Patricija Mozetič, znanstvena svetnica, vodja enote, vodja DE Mikroorganizmi in kroženje snovi

http://www.nib.si/mbp/sl/cv/patricija-mozetic 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Prof. dr. Jadran Faganeli, znanstveni svetnik

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/jadran-Faganeli 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Dr. Vesna Flander-Putrle, višja strokovno-raziskovalna sodelavka

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/vesna-flander-Putrle 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Dr. Janja Francé, višja strokovno-raziskovalna sodelavka

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/janja-france 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Dr. Katja Klun, znanstvena sodelavka

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/katja-Klun 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Izr. prof. dr. Nives Kovač, višja znanstvena sodelavka

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/nives-kovac 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Neža Orel, mlada raziskovalka

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/neza-orel

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Dr. Tinkara Tinta, znanstvena sodelavka

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/tinkara-tinta 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Dr. Timotej Turk Dermastia, asistent z doktoratom

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/timotej-turk-dermastia 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

Ivano Vascotto, mladi raziskovalec

https://www.nib.si/mbp/sl/cv/ivano-Vascotto 

Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate. 

 

 

Projekti

 

Raziskave obalnega morja - raziskovalni program ARRS P1-0237

1.1.2020-31.12.2025

Vodja: Patricija Mozetič

http://www.nib.si/eng/index.php/projects?view=project&id=166 

 

DE-COMB - Vpliv razpada masovne populacije invazivne rebrače na mikrobno združbo obalnega morja - od molekul do ekosistema - celosten interdisciplinarni pristop - slovensko (ARRS) - avstrijski raziskovalni projekt J7-2599

1.11.2020 - 31.10.2023

Vodja: Tinkara Tinta

http://projects.nib.si/decomb/ 

 

Dejavniki, ki strukturirajo mikrobiom obalnega morja s poudarkom na patogenih; celostni pristop - raziskovalni projekt ARRS J1-9157

1.7.2018 - 30.06.2021

Vodja: Valentina Turk

http://www.nib.si/eng/index.php/projects?view=project&id=280 

 

GoJelly - A gelatinous solution to plastic pollution (H2020-BG)

2018 - 2021

https://gojelly.eu/ 

 

SMS - Sensing toxicants in Marine waters makes Sense using biosensors (FP7-OCEAN)

1.8.2013 - 31.8.2017

http://www.project-sms.eu/ 

 

INTERFACES - Ecohydrological interfaces as critical hotspots for transformations of ecosystem exchange fluxes (FP7-ITN)

2013 - 2017

http://www.birmingham.ac.uk/generic/interfaces/index.aspx 

 

OceanGov - Ocean Governance for Sustainability - challenges, options and the role of science (COST Action CA15217)

28.9.2016 - 31.12.2020

https://www.oceangov.eu/ 

 

BALMAS - Ballast water management system for Adriatic Sea protection (Adriatic IPA CBC)

2013 - 2016

 

NC IOC - Nacionalni odbor Medvladne oceanografske komisije (deluje pod okriljem Slovenske nacionalne komisije za UNESCO)

Vsakoletni program od 1994 dalje

https://www.nib.si/mbp/en/ioc-unesco 

 

MEDREGION - Support Mediterranean Member States towards the implementation of the Marine Strategy Framework Directive new GES Decision and programmes of measures and contribute to regional/subregional cooperation

2019-2021

https://medregion.eu/ 

 

ABIOMMED - Support Coherent and Coordinated Assessment of Biodiversity and Measures Across Mediterranean for the Next 6-year Cycle of MSFD Implementation

2021-2023

 

Nacionalni monitoring bioloških elementov kakovosti ekološkega stanja morja

Agencija RS za okolje

https://www.arso.gov.si/vode/morje/ 

 

 

Izbrane objave

 

Flander-Putrle, V., Francé, J., Mozetič, P. (2022) Phytoplankton Pigments Reveal Size Structure and Interannual Variability of the Coastal Phytoplankton Community (Adriatic Sea). Water. 2022; 14(1):23. https://doi.org/10.3390/w14010023

Tinta T., Klun K., Herndl G.J. The importance of jellyfish-microbe interactions for biogeochemical cycles in the ocean. Limnology and Oceanography 2021. DOI: 10.1002/LNO.11741 

Turk, V., Malkin, S., Celussi, M., Tinta, T., Ceam, J., Malfatti, F., Chen, F. Ecological role of microbes : current knowledge and future prospects. Ed.: V: Malone, T. C., Malej, A., Faganeli, J.. Coastal ecosystems in transition : a comparative analysis of the northern Adriatic and Chesapeake Bay, (Geophysical monograph series). 1st ed. Hoboken: American Geophysical Union: Wiley. 2021, str. 129-145. doi: 10.1002/9781119543626.ch7

Brush, M.J., Mozetič, P., Francé, J., Bernardi Aubry, F., Djakovac, T., Faganeli, J., Harris, L.A., Niesen, M. 2021. Phytoplankton dynamics in a changing environment. In: Malone, T.C., Malej, A., Faganeli, J. (eds.). Coastal ecosystems in transition: a comparative analysis of the northern Adriatic and Chesapeake Bay, (Geophysical monograph series). AGU: Wiley. DOI:  10.1002/9781119543626.ch4  .

Francé, J., Varkitzi, I., Stanca, E., Cozzoli, F., Skejić, S., Ungaro, N., Vascotto, I., Mozetič, P., Ninčević Gladan, Ž., Assimakopoulou, G., Pavlidou, A., Zervoudaki, S., Pagou, K., Basset, A., 2021. Large-scale testing of phytoplankton diversity indices for environmental assessment in Mediterranean sub-regions (Adriatic, Ionian and Aegean Seas). Ecological Indicators 126, 107630. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2021.107630 .

Turk Dermastia, T., Cerino, F., Stanković, D., Francé, J., Ramšak, A., Tušek-Žnidarič, M., Beran, A., Natali, V., Cabrini, M., Mozetič, P. 2020. Ecological time series and integrative taxonomy unveil seasonality and diversity of the toxic diatom Pseudo-nitzschia H. Peragallo in the northern Adriatic Sea. Harmful algae. DOI: 10.1016/j.hal.2020.101773.

Tinta, T., Zhao, Z., Escobar, A., Klun, K., Bayer, B., Amano, C., Bamonti, L., Herndl, G.J. Microbial processing of jellyfish detritus in the ocean. Frontiers in microbiology 2020, DOI: 10.3389/fmicb.2020.590995/full.

Mozetič, P., Cangini, M., Francé, J., Bastianini, M., Bernardi Aubry, F., Bužančić, M., Cabrini, M., Cerino, F., Čalić, M., D'Adamo, R., et al. 2019. Phytoplankton diversity in Adriatic ports: Lessons from the port baseline survey for the management of harmful algal species. Marine pollution bulletin. DOI: 10.1016/j.marpolbul.2017.12.029.

Giovanardi, F., Francé, J., Mozetič, P., Precali, R., 2018. Development of ecological classification criteria for the Biological Quality Element phytoplankton for Adriatic and Tyrrhenian coastal waters by means of chlorophyll a (2000/60/EC WFD). Ecol. Indic. 93, 316-332. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.05.015  .

Varkitzi, I., Francé, J., Basset, A., Cozzoli, F., Stanca, E., Zervoudaki, S., Giannakourou, A., Assimakopoulou, G., Venetsanopoulou, A., Mozetič, P., Tinta, T., Skejic, S., Vidjak, O., Cadiou, J.F., Pagou, K., 2018. Pelagic habitats in the Mediterranean Sea: A review of Good Environmental Status (GES) determination for plankton components and identification of gaps and priority needs to improve coherence for the MSFD implementation. Ecol. Indic. 95, 203-218. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.07.036 .

Tinta, T., Vojvoda, J., Mozetič, P., Talaber, I., Vodopivec, M., Malfatti, F., Turk, V. Bacterial community shift is induced by dynamic environmental parameters in a changing coastal ecosystem (northern Adriatic, northeastern Mediterranean Sea) - a 2-year time-series study. Environmental microbiology 2015, DOI: 10.1111/1462-2920.12519.

Mozetič, P., Solidoro, C., Cossarini, G., Socal, G., Precali, R., Francé, J., Bianchi, F., De Vittor, C., Smodlaka, N., Fonda Umani, S. 2010. Recent trends towards oligotrophication of the Northern Adriatic: Evidence from chlorophyll a time series. Estuaries and Coasts, 33, 362-375. https://doi.org/10.1007/s12237-009-9191-7

 

 

Sodelovanja 

 

Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta https://www.uni-lj.si/university/ 

Institut "Jožef Stefan" https://www.ijs.si/ijsw/JSI 

Univerza v Trstu https://www.units.it/ 

OGS https://www.ogs.trieste.it/ 

ISMAR http://www.ismar.cnr.it/ 

CMR Rovinj https://www.irb.hr/eng/Divisions/Center-for-Marine-Research 

Univerza v Zagrebu http://www.unizg.hr/homepage/ 

Univerza na Dunaju https://www.univie.ac.at/en/ 

IOR Split www.izor.hr 

Institute for Marine and Coastal Research, University of Dubrovnik, Croatia

Fondazione Centro Ricerche Marine - Laboratoro Nazionale di riferimento per le Biotossine Marine, Cesanatico

Microbia Environnement https://www.microbia-environnement.com/ 

HCMR https://www.hcmr.gr/ 

Univerza v Salentu https://www.unisalento.it/ 

Nacionalni veterinarski inštitut UL https://www.vf.uni-lj.si/nvi 

Soline, Proizvodnja soli d.o.o.

Nacionalni inštitut za kemijo (https://www.ki.si/en/)

UN Environmental Programme, Mediterranean Action Plan Coordinating Unit (UNEP/MAP),Athens, Greece

Christian Albrechts University Kiel (CAU), Germany

The National Research Council (CNR), Italy

University of Southern Denmark (SDU), Denmark

 

 

Druge aktivnosti

 

Izobraževanje in ozaveščanje:

Člani skupini predavajo na:

-       Univerzi v Ljubljani (Biotehniški fakulteti, Fakulteta za pomorstvo in promet)

-       Univerzi na Primorskem (Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije, Pedagoška fakulteta)

-       Univerzi v Novi Gorici (Fakulteta za znanosti o okolju, Fakulteta za podiplomski študij)

-       Jožef Stefan Mednarodna podiplomska šola

 

Sodelujemo v programih izobraževanja, ne samo v nacionalnih programih za mlade raziskovalce, temveč tudi kot mentorji domačim in tujim študentom (npr. študentom programa Berufskolleg Hilden School, Nemčija), v programih obveznih praks, ter kot mentorji pri diplomskih, magistrskih in doktorskih nalogah.

Z rednimi dejavnostmi ozaveščanja ( npr. Dan odprtih vrat, Noč raziskovalcev, vodeni ogledi) in drugimi oblikami širjenja znanja prispevamo k oceanski pismenosti družbe.

 

Nacionalna imenovanja in članstva v strokovnih skupinah:

-       Nacionalni predstavnik UNESCO-IOC, Medvladnega sveta za Harmful Algal Blooms (IPHAB) (P. Mozetič)

-       Predsednik nacionalnega odbora Medvladne oceanografske komisije (NO IOC) Slovenske nacionalne komisije za UNESCO (P. Mozetič)

-       Nacionalni predstavnik za MED POL (Program spremljanja onesnaženja s kopnega Sredozemlja), UNEP Mediterranean Action Plan (V. Turk)

-       Člani strokovnih skupin v podporo direktivam EU (MSFD, WFD)

 

Nagrade in priznanja:

-       Slovenska nagrada "Prometej znanosti za odličnost v znanosti in komunikaciji 2019" uredništvo publikacije Pol stoletja dolga pot Morske biološke postaje Piran 1969-2019, Nacionalnega inštituta za biologijo (J. Francé, N. Kovač, P. Mozetič)

-       Znanstveni dosežek ARRS "Odlični v znanosti 2018" na področju interdisciplinarnih raziskav preučevanja mikrobne plasti petole blata v Sečoveljskih solinah

-       Slovenska nagrada "Prometej znanosti za odličnost v znanosti in komunikaciji 2018" mlademu raziskovalcu (T. Turk Dermastia)

-       Znanstveni dosežek ARRS "Odlični v znanosti 2015" na področju naravoslovja za opis vpliva okoljskih dejavnikov na dinamiko mikrobne združbe.

 

 

Galerija

 

 

Na slikah (od leve proti desni in od zgoraj navzdol):

 

1. Vzorčevanje dinoflagelatskih cist (Foto: Tamim Ozod-Seradj)

2. Delo z invertnim svetlobnim mikroskopom ZEISS AxioObserver.Z1 (Foto: arhiv MBP)       

3. Sestanek skupine na daljavo (Foto: Neža Orel)

4. Filtriranje vzorcev morske vode za analizo fotosintetskih barvil (Foto: Leon Lojze Zamuda)

5. Tekočinski kromatograf (HPLC – High Performance Liquid Chromatography) (Foto: Vesna Flander Putrle)

6. Jemanje vzorcev iz Niskinovega vzorčevalnika za analizo fotosintetskih barvil (Foto: Vesna Flander Putrle)

7. Jemanje vzorcev iz Niskinovega vzorčevalnika za mikrobiološke analize (Foto: Vesna Flander Putrle)

8. Jemanje vzorca fitoplanktona nabranega s planktonsko mrežo (Foto: Vesna Flander Putrle)

9. Planktonska mreža in rozeta z Niskinovimi vzorčevalniki (Foto: Vesna Flander Putrle)

10. Prikaz koncentracije vzorcev za proteomske analize bakterijske združbe v morju (Foto: arhiv MBP)